決定離子色譜儀分離方式的主要因素是待測離子的疏水性和水合能。
1、水合能高和疏水性弱的離子，如Clˉ和K+，最好用離子交換色譜分離。
2、水合能低和疏水性強的離子，如高氯酸（ClO4ˉ）和四丁基銨，最好用親水性強的離子交換分離柱或離子對色譜分離。
3、有一定疏水性也有明顯水合能的pKa值在1至7之間的離子，如乙酸鹽和丙酸鹽，最好用離子排阻色譜分離。
4、有些離子既可用陰離子交換色譜分離，也可用陽離子交換色譜分離，如氨基酸、生物堿和過渡金屬等。
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