種子在儲藏的過程中，之所以會發生劣變，主要是因為種子的呼吸作用，而呼吸作用的強弱與其水分和所處的溫度有非常密切的關系，而且研究表明，種子各項特性的劣變速度都與其水分和溫度成正比，因此要想提高種子的貯藏效果，達到安全貯藏的目標，那么關鍵就是控制種子的水分和溫度，種子低溫儲藏柜的出現，正好可以填補種子儲藏設備這部分的空白，利用科學技術來為種子安全儲藏服務。
種子低溫儲藏柜是創造低溫儲種環境的專業設備，它的作用就是讓種子在儲藏的過程能夠始終處在低溫低濕的環境條件下，以此來延長種子的壽命，并保持種子的活力。種子低溫儲藏柜的設計原理是根據種子在低溫條件下，相對濕度較低的條件下，會出于微弱的呼吸狀態，一年內生活力不降低的特性。因此種子低溫儲藏柜需要調控的兩個最重要的環境條件就是溫度和相對濕度，一般來說大部分的種子安全儲藏所要求的溫度在15℃以下，相對濕度在65％以下。
利用種子低溫儲藏柜儲藏種子最明顯的一個好處就是顯著減少了種子損失，爛種生蟲等現象得到了有效的控制，其次種子的儲藏壽命得到了延長，基本上能夠冷藏種子1-2年，而且在儲藏期間，種子的生活力不會明顯降低，質量不下降，出柜之后，這些種子依然可以作為良種用于播種作業。
目前，隨著農業現代化的發展，農業生產對于種子的需求量不斷攀升，企業也增加了種子生產的力度，而種子低溫儲藏柜的應用，有利于做好良種儲備，避免種子積壓和轉商損失，儲藏效果良好，經濟效益顯著，非常符合現代農業制種、用種工作的需要。