按照蛋白質結構改變分類
移碼突變
任何不能被3整除的插入或缺失引起的突變稱為移碼突變。由于密碼子的三聯體性質，插入或缺失破壞了閱讀框或密碼子的分組，從而導致與野生型完全不同的翻譯 。缺失或插入發生位置在序列中越靠前，引起的蛋白質變化越明顯。相反，任何可被3整除的插入或缺失引起的突變稱為框內突變。
同義突變和非同義突變
點替換突變導致的單個核苷酸變化引起的突變可以是同義突變也可以是非同義突變。 同義替換突變將密碼子替換為編碼相同氨基酸的另一密碼子，其最終的蛋白質序列沒有改變。同義突變源于遺傳密碼的簡并性。如果同義突變不導致任何表型變化，那么這種同義突變也被稱為沉默突變。但并非所有同義突變都是沉默突變。
非同義替換將密碼子替換為編碼不同氨基酸的另一密碼子，從而產生經過改變的蛋白質。這種點突變稱為非同義突變。非同義突變又可分為無義突變和錯義突變。
錯義突變和無義突變
錯義突變造成不同氨基酸的替代，可能使得到的蛋白質無功能。另一方面，如果錯義突變導致替換使用不同但化學性質相似的氨基酸，則有時蛋白質很少或幾乎沒有變化。例如，從AAA到AGA的變化將導致從編碼賴氨酸到編碼精氨酸的變化，但精氨酸與賴氨酸化學性質相似。在這樣一種情況下，突變對表型幾乎沒有影響，因此該突變是中性的。
無義突變是導致產生終止密碼子提前或在轉錄mRNA中產生無義密碼子的點突變，因此，獲得的蛋白質要么短，要么無功能。