①菌株實為一個物種內遺傳多態性的客觀反映，其數目幾乎是無數的；
②菌株這一各詞所強調的是遺傳型純的譜系；
③菌株與克隆（即無性繁殖系）的概念相同；
④在同一菌種的不同菌株間，作為鑒定用的一些主要性狀雖個個相同，但不作為鑒定用的一些“小”性狀卻可有很大差異，尤其是一些生化性狀、代謝產物（抗生素、酶等）的產量性狀等；
⑤菌株實際上是某一微生物達到遺傳型純的標志，因此，一旦某菌發生自發或人工變異后，均應標以新的菌株名稱；
⑥當我們在進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術交流或發表學術論文或著作時，在利用菌種進行生產時，以及在索取或寄送菌種時，都必須在菌種后標出該菌株的名稱；
⑦菌株的名稱可隨意確定，一般可用字母加編號表示（字母多數表示實驗室、產地或特征等的名稱，編號則表示序號等數字）。