天然黃酮類化合物多以苷類形式存在 ，并且由于糖的種類、數量、聯接位置及聯接方式不同可以組成各種各樣黃酮苷類。組成黃酮苷的糖類包括單糖、雙糖、三糖和酰化糖。黃酮苷固體為無定形粉末，其余黃酮類化合物多為結晶性固體。黃酮類化合物不同的顏色為天然色素家族添加了更多色彩。這是由于其母核內形成交叉共軛體系，并通過電子轉移、重排，使共軛鏈延長，因而顯現出顏色。
黃酮苷一般易溶于水、乙醇、甲醇等極性強的溶劑中；但難溶于或不溶于苯、氯仿等有機溶劑中。糖鏈越長則水溶度越大。黃酮類化合物因分子中多具有酚羥基，故顯酸性。酸性強弱因酚羥基數目、位置而異。