本病的典型病理表現在光鏡下常見系膜細胞增生、基質增多，常呈局灶節段性分布。輕微者則只有輕微系膜增生，亦可呈彌漫增生(常有局灶節段性加重)。約20%病例可出現新月體，通常不超過30%腎小球。若新月體超過50%腎小球，則為急進性IgA腎病。免疫熒光鏡下，可見在腎小球系膜中呈彌漫分布的顆粒或團塊狀IgA沉積物(主要是IgA1)。約60%～90%的病例伴C3和IgG沉積，但強度較弱。IgM沉積則報導不一。IgA輕鏈以λ為主，有J鏈，無分泌塊。通常無C1q和C3沉積。電鏡下幾乎都可見到細小均一的顆粒狀電子致密物，分布于系膜區；若在上皮下或內皮下出現，則常病情嚴重。上皮細胞足突常正常。進行性病例可見球囊基底膜變形、裂解；腎小球基底膜“溶解”。世界衛生組織接受的分型標準附于文后。