化合物定性基礎的四大譜，核磁共振、紫外、紅外和質譜。質譜和其他三種定性方式不同的是，化合物在質譜儀中需要先離子化，才能被質量分析器檢測到，這樣，利用質譜來檢測化合物的時候是需要先建立質譜方法，才能保證得到理想的質譜圖。本文針對小分子化合物的質譜分析，總結下質譜方法建立的一般流程。
1. 根據目標化合物的純度和檢測目的，是否需要和色譜串聯
如果樣品純度較高，樣品中其他組分不干擾目標組分的檢測，可以選用直接進樣的質譜儀，這種一般適用于合成終產品的定性分析；大部分樣品的分析需要和色譜儀聯用，如果樣品易揮發、容易汽化并熱穩定，建議與GC聯用，如果樣品難揮發，一般與液相色譜聯用，與反相液相色譜聯用有利于化合物的離子化，更容易檢測到。
2. 與GC串聯的質譜方法的建立
首先根據檢測目的選擇離子源，一般GC-MS會配備EI和CI兩種離子源，EI源會得到更多的碎片離子，有利于結構的鑒定，但有時會得不到分子離子峰，一般電子轟擊電壓是70eV，如果難以得到分子離子峰，可以適當降低電子轟擊電壓；CI源更容易得到分子離子峰，如果需要得到分子量，適合選擇CI源。
然后選擇質量分析器，GC-MS一般配置的是單四級桿，如果SCAN模式，除了質量掃描范圍，一般不用修改其他參數，SIM（選擇離子掃描）模式需要選定目標質量數，EI和單四級桿分析結果可以和NIST譜庫匹配，可以為結構解析提供參考；定量分析可以用單四級桿的SIM模式，也可以配置三重串聯四級桿；需要精確分子量可以串聯飛行時間質量分析器。離子肼可以做多級質譜，適合做結構鑒定，但EI源配離子肼分析器的意義不大。
3. 與HPLC串聯的質譜方法
3.1 HPLC方法
HPLC分析時常在水相中添加有機酸和緩沖鹽來增強保留和改善峰形，液質聯用時不適合用難揮發的鹽和酸來作為改性劑，常用的TFA雖然能揮發，但TFA濃度過高會抑制化合物電離。這是液質聯用的液相方法需要注意的地方。
3.2離子源的選擇
小分子化合物分析一般ESI源和APCI源就已經足夠了，ESI源適合于極性大的化合物，如一些氨基酸、多肽、寡聚糖、表面活性劑等，ESI源除了得到[M+H]+外，也容易得到[M+NH4]+、[M+Na]+，還有雙分子離子峰[2M+H]+等；下圖是anti-HIV藥物在含有氯化銨的乙醇溶液的Nano-ESI源的正和負離子譜圖。
進入離子源的溶劑的流量比較大或者溶劑比較難揮發，需要增大霧化氣的流量和溫度。
APCI源適合于中等極性和弱極性的化合物，典型的如油脂中甘油三酯的分析，APCI需要樣品先氣化，不適合熱不穩定的的化合物，APCI需要優化的參數主要是Corona 電流和汽化溫度，需要根據具體的儀器來優化。
3.3質量分析器的選擇
定量分析選用三重串聯四級桿，需要結構分析選用串聯離子肼的質譜，定性選用飛行時間分析器，現在市面上的質譜的分析器的種類很多了，Q-TRAP、Q-TOF既可以定性分析，也可以定量分析。
質譜還需要注意的是源內裂解現象（CID），盡量降低CID的影響。在有標準品的情況下，可以利用標準品溶液直接進樣，以得到較高目標化合物的分析離子峰和碎片離子的豐度來優化質譜參數，在TUNE模式下，優化得到最佳的質譜參數，再根據液相條件，調整離子源參數。