1)隱球菌性腦膜炎：亞急性或慢性腦膜炎，與TBM病程和CSF改變相似，TBM早期臨床表現不典型時不易與隱球菌性腦膜炎鑒別，應盡量尋找結核菌和新型隱球菌感染的實驗室證據。
2)化膿性腦膜炎：重癥TBM臨床表現與化膿性腦膜炎相似，CSF細胞數>1000×10∧6/L和分類中性粒細胞占優勢時更難以鑒別，必要時可雙向治療。
3)病毒性腦膜炎：輕型或早期TBM腦脊液改變和病毒性腦膜炎相似，可同時抗結核與抗病毒治療，邊觀察、邊尋找診斷證據。病毒感染通常有自限性，4周左右明顯好轉或痊愈，而TBM病程遷延，不能短期治愈。
4)結節病性腦膜炎：結節病是累及多臟器的慢性肉芽腫性疾病，肺和淋巴結多見，常累及腦膜及周圍神經，尸檢發現腦膜受累占100%，但臨床僅64%的患者有腦膜受累癥狀及體征。顱內壓正常或增高，70%的患者CSF細胞數增多，蛋白增高（達20g/l），糖降低（0.8-2.2mmol/l）。
5)腦膜癌病：腦膜癌病系有身體其他臟器的惡性腫瘤轉移到腦膜所致，通過全面檢查可發現顱外的癌性病灶。極少數患者合并腦結核瘤，表現連續數周或數月逐漸加重的頭痛，伴有癇性發作及急性局灶性腦損傷，增強CT顯示大腦半球等部位的單發病灶，CSF檢查通常多為正常。