慢性期可出現持續性功能損害：
①腎濃縮功能減退如夜尿量增多，晨尿滲透濃度降低；
②腎酸化功能減退如晨尿pH增高，尿HCO3-增多，尿NH4+減少等；
③腎小球濾過功能減退如內生肌酐清除率降低，血尿素氮、肌酐增高等。
1.X線檢查 對慢性或久治不愈者，視需要分別可做尿路平片、靜脈腎盂造影、逆行腎盂造影、排尿時膀胱輸尿管造影，以檢查有無梗阻、結石、輸尿管狹窄或受壓、腎下垂、泌尿系先天性畸形以及膀胱輸尿管反流現象等。此外，還可了解腎盂、腎盞形態及功能，借以與腎結核、腎腫瘤鑒別。慢性腎盂腎炎的腎盂呈輕度擴張或杵狀，并可有瘢痕性畸形。腎功能不全時需用2倍或3倍劑量碘造影劑作靜脈快速滴入，此項檢查可能加重腎功能進一步惡化，請注意并多次攝片才能使造影得到滿意效果。腎血管造影可顯示慢性腎盂腎炎的小血管有不同程度的扭曲。必要時可作腎CT掃描或核磁共振掃描，以排除其他腎臟疾患。
2.同位素腎圖檢查 可了解腎功能、尿路梗阻、膀胱輸尿管反流及膀胱殘余尿情況。急性腎盂腎炎的腎圖特點為高峰后移，分泌段出現較正常延緩0.5～1.0min，排泄段下降緩慢；慢性腎盂腎炎分泌段斜率降低，峰頂變鈍或增寬而后移，排泄段起始時間延遲，呈拋物線狀。但上述改變并無明顯特異性。
3.超聲波檢查 是目前應用最廣泛，最簡單的方法，它能篩選泌尿道發育不全、先天性畸形、多囊腎、腎動脈狹窄所致的腎臟大小不勻、結石、腎盂重度積水、腫瘤及前列腺疾病等。