一般而說，不少肝病患者經過病史詢問和體格檢查，或者在輔以必要實驗室和影像學檢查，就可確診。但是，有些不能明確診斷疾病，只有通過肝穿刺活檢，進行病理學檢查才能下結論，如淋巴瘤、肝癌、結核等。還有些疾病診斷起來有困難，需要肝活檢與臨床癥狀相結合，才能作出診斷，如自身免疫性肝炎、慢性肝炎、原發性膽汁肝硬化等。
有不少慢性乙肝患者感染HBV(乙肝病毒)時間很長，但抽血化驗轉氨酶有的長期正常、有的反復異常、有的異常可能僅半年時間，HBVDNA陽性或陰性，這樣的患者通過肝穿刺檢查能發現慢性乙肝是否處于活動期，并能推斷其病變的輕重程度。
乙肝患者進行肝穿刺檢查是作為療效考核的標準，治療以后乙肝患者有沒有好轉，病變恢復得程度怎么樣，必須要做肝組織的檢查，這是最直接的。因為乙肝的病變主要在肝臟，查肝組織檢查是最直接的。