肽酶是能分解蛋白短肽的酶類總稱，大多存在于微生物細胞內，在發酵過程中當細胞自溶后，便釋放肽酶水解肽類形成氨基酸，作為風味前體。他們是所有生物存活所必需的一種酶，而且在所有蛋白質的編碼中，編碼肽酶的基因占了2%。
根據催化類型可將肽酶大致分成六類：絲氨酸型、蘇氨酸型、半胱氨酸型、天冬氨酸型、谷氨酸型和金屬離子型肽酶。
而按照肽酶的EC系統推薦的作為所有蛋白水解酶的一般術語，可以分為兩大類型，即內肽酶(E.C.3.4.21~3.4.99) 和外肽酶(E.C.3.4.11~3.4.19) ，具體的包括：氨肽酶、二肽酶、二肽基肽酶、肽基二肽酶、絲氨酸型羧肽酶、金屬型羧肽酶、半胱氨酸型羧肽酶、絲氨酸內肽酶、半胱氨酸內肽酶、天冬氨酸內肽酶、金屬內肽酶、蘇氨酸內肽酶、未知類型的內肽酶等 。