胃蛋白酶先是表達為酶原，即胃蛋白酶原。胃蛋白酶原是胃蛋白酶的無活性的前體，其一級結構比胃蛋白酶多出了44個氨基酸。在胃中，胃粘膜主細胞釋放出胃蛋白酶原。這一酶原在遇到胃酸（由胃壁細胞所釋放）中的鹽酸后被激活。當胃對食物進行消化時，在被稱為胃泌素的一種激素和迷走神經作用下，啟動胃蛋白酶原和鹽酸從胃壁中釋放。 在鹽酸所創造的酸性環境中，胃蛋白酶原發生去折疊，使得其可以以
自催化方式對自身進行剪切，從而生成具有活性的胃蛋白酶。隨后，生成的胃蛋白酶繼續對胃蛋白酶原進行剪切，將44個氨基酸殘基切去，產生更多的胃蛋白酶。這種在沒有食物消化時保持酶原形式的機制，避免了過量的胃蛋白酶對胃壁自身進行消化，是一種保護機制。