1.潴留性囊腫：一般為單房性，沒有包膜，其體積一般較小，且囊腫有時大時小的特點。囊壁由單層立方扁平上皮被覆，囊壁外常為慢性胰腺炎病變，有導管阻塞，且常伴有胰結石癥等。囊內液中炎性滲出成分不多，而胰淀粉酶常呈強陽性反應。
2.囊腺瘤：有纖維組織間隔與包膜，可發生玻璃樣變性及鈣鹽沉著，鄰近包膜的胰腺組織因受壓迫而萎縮；導管和腺泡可因阻塞而擴張，囊腔大小較小，囊壁中無炎性細胞浸潤；囊壁被覆上皮為單層扁平細胞、立方狀細胞或高柱狀細胞；單層扁平上皮者應與淋巴管瘤或毛細血管瘤相鑒別，前者嗜銀染色陽性，而后兩者嗜銀染色均為陽性。被覆柱狀上皮的囊腺瘤惡變的可能性較大，而乳頭狀囊腺瘤可以視為癌前期病變。囊腺瘤惡變時，有乳頭明顯增生，細胞呈明顯的異形性，表現為核大、核深染、核分裂相增多，有病理性核分裂、腺管共壁、背靠背等惡性特征。
3.胰腺癌：胰腺癌阻塞了胰腺導管時，其遠側胰管可以擴張呈囊狀，但這種囊腫一般不大，囊腔與腺管相通，囊內含有血性液體或清亮稀薄液體，并含有胰酶類。