脊索的出現構成了支撐軀體的主梁，這個主梁使體重有了更好的受力者，體內內臟器官得到有力的支持和保護，運動肌肉獲得堅強的支點，在運動時不致由于肌肉的收縮而使軀體縮短或變形。所有的這些雖然和節肢動物堅硬的幾丁質 外鞘作用類似，但是由于脊索在體內，同時比幾丁質外鞘有更好的的韌性，因而使脊索動物身體更靈活，體形有可能向“大型化” 發展。這樣，在環境的變化下，脊索動物獲得了新的適應性。
脊索的中軸支撐作用也使動物體更有效地完成定向運動 ，對于主動捕食及逃避敵害都更為準確、迅捷。脊椎動物頭骨的形成、頜的出現以及椎管對中樞神經的保護，都是在此基礎上進一步完善化的發展。
脊索在發生學和胚胎學上還有誘導周圍細胞分化作用 ，促進了胚胎期由中胚層發育而來的脊椎 和由外胚層發育而來的神經 的產生和完善。這一點也是脊索為什么仍然存在于高等脊索動物的胚胎內的一個原由。