在生理情況下，血中免疫球蛋白通過血腦屏障（BBB）而進入CSF內。IgG較易通過BBB，而IgM難以通過。所以IgG、IgA、IgM在CSF中的濃度依次遞減。當腦組織或腦膜有病變時，導致血腦屏障發生破壞，通透性增加。
臨床上主要通過測定白蛋白商值（QALB），即測定CSF中白蛋白（Albcsf）和血清白蛋白（Albs）比值來反映血腦屏障受損程度。
其計算公式為：
QALB＝[（Albcsf／Albs）×1000]
當商值＜9時，提示血腦屏障無明顯受損，9～15為輕度受損；l5～33為中度受損；33～100為重度受損；＞100為完全破裂。
Ig即可在鞘內局部合成，也可通過血-腦屏障進入鞘內，故需區分鞘內Ig的來源。經典的計算鞘內Ig合成的方法是IgG生成指數和24小時IgG合成率。
腦脊液IgG測定方法采用速率散射免疫比濁法，腦脊液采集后離心再行測定。當IgG生成指數和24小時IgG合成率升高時，表明CSF中的IgG主要由中樞神經系統鞘內合成。
IgG生成指數和24小時IgG合成率升高，多見于多發性硬化癥。
化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎時IgG、IgA均增高；
腦血管疾病如腦血栓、蛛網膜下腔出血時，IgG明顯升高；
神經系統腫瘤時，以IgA和IgM升高為主；
SLE腦病、神經梅毒、重癥肌無力等IgG明顯升高；
精神分裂癥IgG和IgM升高明顯。