常用于重組膜蛋白的表達系統有真核表達系統、原核表達系統和近些年來發展的無細胞表達系統。其中以大腸桿菌（E.coli）為代表的原核表達系統因為操作簡單、成本相對低廉、遺傳背景清楚、方便同位素標記，以及有大量可利用的表達載體和宿主菌株等原因，是當下獲取重組膜蛋白的最主要途徑。
對于一些膜蛋白而言，采用增加蛋白可溶性或者促使蛋白形成包涵體的標簽進行融合表達，是很好的增加蛋白產量的辦法，但是暫時還沒有普遍有效的融合標簽可用于所有膜蛋白的超量表達。
