凡以有機物為碳源、能源和供氫體的微生物稱為化能有機營養型微生物,也稱化能異養型微生物。該類型包括的微生物種類最多,作用也最強。已知的絕大多數細菌、放線菌、全部真菌和原生動物均屬于此類型。化能異養菌的具體營養要求隨種類而異。不同類群對碳源、氮源、礦質元素及生長素的需求表現出極大的差異。