鑒別診斷
致病性大腸桿菌性腸炎需要與其鑒別的疾病有痢疾、沙門菌腸炎、空腸彎曲菌腸炎、病毒性腸炎和幼兒急疹等。
治療
采取抗菌消炎、控制腹瀉、糾正脫水酸中毒等綜合措施。
飲食療法
基本同輪狀病毒腸炎。人乳中的IgA可阻止需要鐵的細菌如大腸埃希桿菌的生長，故人乳喂養是防治嬰幼兒大腸埃希桿菌腸炎的有效措施。
對癥治療及支持療法
禁食期間均需靜脈補液。針對等滲性脫水與代謝性酸中毒，按不同脫水程度制定輸液計劃。用山莨菪堿足三里穴位封閉可減少便次。胃蛋白酶、胰酶、鞣酸蛋白、中藥肥兒散等，均可促進大便性狀好轉并增加消化功能。對于重癥及營養不良患兒，可少量多次輸血、人血白蛋白（白蛋白），以改善全身狀況。
抗菌治療
輕型病例可不用抗菌藥物。通過調整腸道正常菌群而自愈。對重癥嬰兒及有敗血癥者，仍需抗菌治療。據臨床觀察，以口服多黏菌素B及多黏菌素E效果較好，但藥源較困難。臨床上常首選諾氟沙星、司氟沙星（司帕沙星）或小檗堿，另加甲氧芐芐啶（TMP），亦可口服慶大霉霉素或肌注妥布霉素。療程均為5天。
護理
保持肛周皮膚清潔干燥，防止臀紅及肛周膿腫。臀紅用紅外線局部烤干，肛周涂松花粉、鞣酸軟膏等。