蘇氨酸在機體內的代謝途徑和其他氨基酸不同，是唯一不經過脫氫酶作用和轉氨基作用，而是通過蘇氨酸脫水酶（TDH）和蘇氨酸脫酶（TDG）以及醛縮酶催化而轉變為其他物質的氨基酸。
途徑主要有3條：通過醛縮酶代謝為甘氨酸和乙醛；
通過TDG代謝為氨基丙酸、甘氨酸、乙酰COA；通過TDH代謝為丙酸和α-氨基丁酸。
