在螢光顯微鏡上，必須在標本的照明光中，選擇出特定波長的激發光，以產生熒光，然后必須在激發光和熒光混合的光線中，單把熒光分離出來以供觀察。因此，在選擇特定波長中，濾光鏡系統，成為極其重要的角色。
熒光顯微鏡原理：
(A) 光源：光源輻射出各種波長的光(以紫外至紅外)。
(B) 激勵濾光源：透過能使標本產生螢光的特定波長的光，同時阻擋對激發螢光無用的光。
(C) 熒光標本：一般用熒光色素染色。
(D) 阻擋濾光鏡：阻擋掉沒有被標本吸收的激發光有選擇地透射熒光，在熒光中也有部分波長被選擇透過。 以紫外線為光源，使被照射的物體發出熒光的顯微鏡。電子顯微鏡是在1931年在德國柏林由克諾爾和哈羅斯卡首先裝配完成的。這種顯微鏡用高速電子束代替光束。由于電子流的波長比光波短得多，所以電子顯微鏡的放大倍數可達80萬倍，分辨的最小極限達0.2納米。1963年開始使用的掃描電子顯微鏡更可使人看到物體表面的微小結構。
顯微鏡被用來放大微小物體的圖像。一般應用于對生物、醫藥、微觀粒子等觀測。
（1）利用微微動載物臺之移動，配合全目鏡之十字座標線，作長度量測。
（2）利用旋轉載物臺與目鏡下端之游標微分角度盤，配合全目鏡之十字座標線，作角度量測，令待測角一端對準十字線與之重合，然后再讓另一端也重合。
（3）利用標準檢測螺紋的節距、節徑、外徑、牙角及牙形等尺寸或外形。
（4）檢驗金相表面的晶粒狀況。
（5）檢驗工件加工表面的情況。
（6）檢測微小工件的尺寸或輪廓是否與標準片相符。