一般方法
首先，全池潑灑沸石粉10公斤/畝，使之絮凝藍藻；第二，間隔3—4小時后全池潑灑溶藻芽孢桿菌(側孢芽桿菌)，用量為500克/畝。注意使用微生物制劑過程中必須防止蟹池缺氧，天氣悶熱時不應使用，而使用時則應開動增氧機；第三，平衡氮磷比例，通過潑灑無機磷改變氮磷的比例，加快培育綠藻和硅藻等有益藻類快速生長成為優勢藻種來抑制藍藻生長，從而改善藍藻過度繁殖的狀況。
無害處理
2020年1月13日，從中國科學院南京地理與湖泊研究所獲悉，該所陳開寧研究員領導的河湖生態治理與修復團隊新近研發出一種藍藻無害化處理的新技術。該技術能有效對湖灣和湖濱濕地內堆積的藍藻進行富集、消解和轉化，以促進湖泊生態系統實現良性物質循環。
此次，科研團隊充分利用生態系統的自我調節功能，達到藍藻無害化處置的目標。本研究的核心突破在于自主研發出一種新型復合改良劑。這種改良劑能快速將水面漂浮的藍藻形成團聚體并沉降到水底，并有效抑制其釋放次生有害物質。在藍藻更容易聚集的湖濱濕地區，新型改良劑還能促進藍藻富含的營養物質被濕地植物高效利用，最終實現湖濱帶營養物質的良性循環 。