用 CE 進行 IEF分離是選擇隨后用于在非衍生毛細管柱上分離蛋白的緩沖液系統的有效的第一步。如果沒有檢測到蛋白質，可能是被吸收到柱的硅表面。在離子去垢劑如 SDS 存在的情況下重復分離過程，這樣就會用負電荷包被蛋白質從而阻止吸收。但是，這意味著蛋白質只能依據大小的不同而進行分離。
知道蛋白質的 pI 可以選擇適宜的運行緩沖液使其荷質比的差異最大化。如果不知道蛋白質的 pI，可以用包被的毛細管柱在高 pH、高離子強度的緩沖液下達到分離的效果。
| 實驗材料 | 含10 mg蛋白質／ml 的溶于水的樣品 |
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| 試劑、試劑盒 | 硼酸鈉 |
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| 儀器、耗材 | 50 μm 內徑的包被的融合硅毛細管柱CE 儀器 |
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| 實驗步驟 | 1. 用 50 mmol/L 硼酸鈉緩沖液 1/10（V/V） 稀釋蛋白質樣品，使終濃度 1.0 mg/ml，也可在 50 mmol/L 硼酸鈉緩沖液中透析樣品（在 1 mg/ml 的濃度下）。
2. 用 500 mmol/L 硼酸鈉緩沖液充滿包被的柱子。
3. 流體動力學地注射樣品，如 1 lb/in2 的壓力 3 s。
4. 用以下條件進行分離：
探測波長：200 nm 溫度：25℃ 運行電壓：10 kV 運行時間：30 min 展開 |
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