1、試劑用量少，節能，污染小。
2、加熱均勻，且熱效率較高。傳統熱萃取是以熱傳導、熱輻射等方式自外向內傳遞熱量，而微波萃取是一種“體加熱”過程，即內外同時加熱，因而加熱均勻，熱效率較高。微波萃取時沒有高溫熱源，因而可消除溫度梯度，且加熱速度快，物料的受熱時間短，因而有利于熱敏性物質的萃取。
3、微波萃取不存在熱慣性，因而過程易于控制。
4、微波萃取無需干燥等預處理，簡化了工藝，減少了投資。
5、微波萃取的處理批量較大，萃取效率高，省時。與傳統的溶劑提取法相比，可節省50%~90%的時間。
6、微波萃取的選擇性較好。由于微波可對萃取物質中的不同組分進行選擇性加熱，因而可使目標組分與基體直接分離開來，從而可提高萃取效率和產品純度。
7、微波萃取的結果不受物質含水量的影響，回收率較高。