質子泵有三類：P-type、V-type、F-type。
1、P-type：載體蛋白利用ATP使自身磷酸化（phosphorylation），發生構象的改變來轉移質子或其它離子，如植物細胞膜上的H+泵、動物細胞的Na+-K+泵、Ca2+離子泵，H+-K+ATP酶（位于胃表皮細胞，分泌胃酸）。
2、V-type：位于小泡（vacuole）的膜上，由許多亞基構成，水解ATP產生能量，但不發生自磷酸化，位于溶酶體膜、動物細胞的內吞體、高爾基體的囊泡膜、植物液泡膜上。
3、F-type：是由許多亞基構成的管狀結構，H+沿濃度梯度運動，所釋放的能量與ATP合成耦聯起來，所以也叫ATP合酶（ATP synthase），F是氧化磷酸化或光合磷酸化偶聯因子（factor）的縮寫。F型質子泵位于細菌質膜，線粒體內膜和葉綠體的類囊體膜上。F型質子泵不僅可以利用質子動力勢將ADP轉化成ATP，也可以利用水解ATP釋放的能量轉移質子。