實驗概要
本方法用于從細菌中制備提純少量質粒DNA。
主要試劑
1. 溶液Ｉ
50mmol/L葡萄糖
25mmol/L Tris．Cl(pH8.0)
10mmol/LEDTA(pH8.0)
溶液Ｉ可成批配制，每瓶約100ml，在6.895×104Pa高壓下蒸氣滅菌15分鐘，貯存于4℃。
2. 溶液Ⅱ
0.2mol/L NaOH（臨用前用10mol/L貯存液現用現稀釋)
1%SDS
3. 溶液Ⅲ
5mol/Ｌ乙酸鉀 60ml
冰乙酸 11.5ml
水 28.5ml
所配成的溶液對鉀是3mol/L，對乙酸根是5mol/L。
4. STET
0.1mol/L NaCL
10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)
1mmol/L EDTA(pH8.0)
5% Triton X-100
5. 溶菌酶溶液
10mg/ml，用10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)配制。
實驗步驟
1. 細菌的收獲
1) 將2ml含相應抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好（不蓋緊)的試管中，然后接入一單菌落，于30℃劇烈振搖下培養過夜。
2) 將1.5ml培養物倒入微量離心管中，用微量離心機于4℃以12000g離心30秒，將剩余的培養物貯存于4℃。
3) 吸去培養液，使細菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連，輕緩抽吸，并用吸頭接觸液面。當液體從管中吸出時，盡可能使吸頭遠離細菌沉淀，然后繼續用吸頭通過抽真空除去附于管壁的液滴。
2. 堿裂解法
1) 將細菌沉淀，所得重懸于100μl用冰預冷的溶液Ｉ中，劇烈振蕩。須確使細菌沉淀在溶液Ｉ中完全分散，將兩個微量離心管的管底部互相接觸震蕩，可使沉淀迅速分散。
2) 加200μl新配制的溶液Ⅱ。蓋緊管口，快速顛倒離心管５次，以混合內容物。應確保離心管的整個內表面均與溶液Ⅱ接觸。不要振蕩，將離心管放置于冰上。
3) 加150μl用冰預冷的溶液Ⅲ，蓋緊管口，將管倒置后和地振蕩10秒鐘溶液Ⅲ在粘稠的細菌裂解物中分散均勻，之后將管置于冰上３-５分鐘。
4) 用微量離心機于4℃12 000g離心5分種，將上清轉移到另一離心管中。
5) 可做可不做：加等量酚：氯仿，振蕩混勻，用微量離心機于4 ℃以12000g離心２分鐘，將上清轉移到另一良心管中。有些工作者認為不必用酚：氯仿進行抽提，然而由于一些未知的原因，省略這一步，往往會得到可耐受限制酶切反應的DNA。
6) 用2倍休積的乙醇于室溫沉淀雙鏈DNA。振蕩混合，于室溫放置２分鐘。
7) 用微量離心機于4℃以12 000g離心５分鐘。
8) 小心吸去上清液，將離心管倒置于一張紙巾上，以使所有液體流出。再將附于管壁的液滴除盡。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連，并用吸頭接觸液面。當液體從管中吸出時，盡量使吸頭遠離核酸沉淀，然后繼續用吸頭通過抽真空除去附于管壁的液滴。
9) 用1ml70%乙醇于4℃洗滌雙鏈DNA沉淀，按步驟H所術方法去掉上清，在空氣中使核酸沉淀干燥10分鐘。
注：
1. 此法制備的高拷貝數質粒（如Ｘf3或pUC)，其產量一般約為：每毫升原細菌培養物3-5μg。
2．如果要通過限制酶切割反應來分析DNA，可取1μl DNA溶液加到另一含８μl水的微量離心管內，加1μl 10×限制酶緩沖液和１單位所需限制酶，在適宜溫育1-2小時。將剩余的DNA貯存于－20℃。
3. 此方法按適當比例放大可適用于100ml細菌培養物：
3. 煮沸裂解
1) 將細菌沉淀，所得重懸于350μlSTET中。
2) 加25μl新配制的溶菌酶溶液，振蕩3秒鐘以混勻之。如果溶淮中pH低于8.0，溶菌酶就不能有效發揮作用。
3) 將離心管放入煮沸的水浴中，時間恰為40秒。
4) 用微量離心機于室溫以12 000g離心10分種。
5) 用無菌牙簽從微量離心管中去除細菌碎片。
6) 在上清中加入40μl 5mol/L乙酸鈉（pH5.2)和420μl異丙醇，振蕩混勻，于室溫放置5分鐘。
7) 用微量離心機于4℃以12 000g離心5分種，回收核酸沉淀。
8)
小心吸去上清液，將離心管倒置于一張紙巾上，以使所有液體流出。再將附于管壁的液滴除盡。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連，輕緩抽吸，并用吸頭接觸液面。當液體從管中吸出時，盡可能使吸頭遠離核酸沉淀，然后繼續用吸頭通過抽真空除去附于管的液滴。
9) 加1ml 70％乙醇，于4℃以12 000g離心２分鐘。
10) 按步驟H所述再次輕輕地吸去上清，這一步操作要格外小心，因為有時沉淀塊貼壁不緊，去除管壁上形成的所有乙醇液滴，打開管口，放于室溫直至乙醇揮發殆盡，管內無可見的液體（2-5)分鐘。
11) 用50μl含無DNA酶的胰RNA酶（20μg/ml)的TE(pH8.0)溶解核酸稍加振蕩，貯存于-20℃。
注：當從表達內切核酸酶Ａ的大腸桿菌株（endA 株，如HB101 )中小量制粒尤其DNA時，建議舍棄煮沸法。因為煮沸步驟不能完全滅活內切核酸酶Ａ，以后在Mg2 存在下溫育（V中用限制酶時)質粒DNA可被降解。在上述方案的步驟I之間增加一步，即用酚：氯仿進行抽提，可以避免這一問題。