超低溫冰箱雖然制冷系統和控制電路都比較復雜，但常見故障主要是循環系統和電路部分故障，下面簡要介紹幾種常見故障及其排除辦法。
1.接通電源后，總電源的空氣開關自動斷開
排除方法：檢查第一級制冷系統的壓縮機是否損壞，若損壞則會造成短路，引起電源保護。可以更換配件，若沒有原廠配件，可經測算更換相當功率的冰箱壓縮機，將管道焊接好，經過加壓檢查完管道氣密性后抽真空并加入R-12氟利昂23．00z，再開機檢測是否正常。
該故障一般是因為電源不穩定造成的，因為第一級先啟動，故損壞通常都在第一級，這種情況下，一般只要加裝延時穩壓電源，就不會再出現該故障。
2.箱內溫度未達到設定溫度就已經停止工作
排除方法：雖然箱內未達到設定溫度，但是面板顯示溫度卻已經達到設定溫度。這是由于檢測溫度的熱敏電阻損壞，需要更換配件。若沒有原廠配件，可重新安裝一套溫度控制系統，即可消除故障。
3．冰箱制冷效果降低，人觸摸箱體金屬部分有電擊感覺
排除方法：用萬用表測量冰箱漏電情況，采用分段法檢查。在給高溫級壓縮機單獨通電運行時，檢查是否是由于該壓縮機漏電引起整個箱體帶電。靜態檢測壓縮機接線柱，注意觀察電動機繞組內引線插頭部分，若與機殼有打火痕跡，表明該處漏電。
采用把接線柱部分連同周圍一部分殼體一起更換的方法，裝上機體后通電使其運轉，檢查有無漏電現象，等壓縮機各項指標正常后，裝回低溫冰箱底座上，連接管道，檢漏、抽空、充注適量制冷劑使冰箱恢復正常運行。
超低溫冰箱的維護和保養對于延長其壽命和正常使用尤為重要，如果溫度控制不準確常常導致所保存對象受損，對實驗結果造成很大影響，從而影響研究工作的正常進行。
1．每月清潔一次，以保證其清潔度
用干布清除冰箱內外部和配件上的少量塵埃，如果冰箱太臟則使用中性洗滌劑，清洗后再用純凈水徹底沖洗。但不可在冰箱內部和上部沖水，否則會損壞絕緣材料并導致故障。壓縮機和其他機械部分不需要使用潤滑油。清潔壓縮機后部的電扇務必小心。清潔完畢后進行安全檢查，確保冰箱插頭插好，不要虛接；確保插頭沒有異常熱度；確保冰箱背部的電源電線和分配電線沒有破裂和刻痕。
2．警報器啟動報警
當遇到警報器啟動報警時，通常可通過以下方面進行檢查。
第一，檢查電源是否有問題或插頭是否被拉出插座；
第二，檢查內部溫度計是否超出合適的范圍，在此情況下，物品置人會使冰箱升溫，并觸發警報器；
第三，檢查是否一次性置人物品過多。
3．冰箱冷卻不充分
檢查蒸發器表面是否有冰霜；冰箱門是否開關過頻；冰箱背部是否接觸墻面；是否放人過多物品。
4．冰箱噪音過大
檢查底板是否堅固；冰箱是否穩固；如不穩，調好活動螺絲以使四角穩固地支撐在底板上；是否有物件接觸到冰箱背部。
如果制冷效果差，冰箱不停機，散熱管不熱，蒸發器有很小氣流聲，這些是因為慢滲漏造成制冷劑嚴重缺損的緣故。在實際使用過程中，還會遇到許多其他問題，這類問題的解決方法需要不斷地積累經驗方可排除障礙，使得超低溫冰箱達到最佳的工作狀態。