無論是雜交育種還是轉基因工程育種，從本質上說都是通過人為促成物種之間的基因轉移和重新組合產生新的物種，都是轉基因育種。
中國農業科學院生物技術研究所所長林敏表示：“轉基因技術和傳統雜交技術本質上相同。比如上世紀50年代的小麥遺傳工程，傳統的育種學家把山羊草的抗葉銹病基因和野生小麥雜交，再用它的后代和栽培小麥雜交，成功把山羊草的抗葉銹病基因轉移到小麥里面，實現了跨物種的雜交、基因轉移。”林敏認為，轉基因技術和雜交技術的比較，過程更精確、更快速。比如，轉基因抗蟲棉的殺蟲蛋白基因來自于微生物，通過表達載體構件花粉管的載入轉移到了棉花中，使棉花獲得了常規育種不能獲得的抗蟲性狀。
林敏指出：“有人認為轉基因沒有傳統雜交安全，主要原因是科普不到位，認識有誤區，沒有認清轉基因的本質。”
中國科學院遺傳與發育生物學研究所副所長朱禎表示：轉基因技術和傳統的水稻育種類似。他說，現在的水稻品種都是千百年來，通過雜交育種把外來的基因導入受體品種里，只是非轉基因通過有性生殖，轉基因通過體外轉移，本質上沒有大的區別。
北京市農林科學院副研究員黃叢林認為：轉基因技術跟常規的雜交技術原理差不多。常規雜交技術轉移的不是一個基因，而是很多基因，而轉基因是很準確地轉移某個基因，這就像裝米一樣，雜交是把一袋米裝到另外一個袋子里，而轉基因就像是從米袋里挑出一粒米，然后裝到另外的袋子里，是一種更準確細微的轉移。