間充質干細胞最早在骨髓中發現，隨后還發現存在于人體發生、發育過程的許多種組織中。目前, 我們能夠從骨髓、脂肪、滑膜、骨骼、肌肉、肺、肝、胰腺等組織以及羊水、臍帶血中分離和制備間充質干細胞，用得最多的是骨髓來源的間充質干細胞。但骨髓來源的間充質干細胞存在以下問題：隨著年齡的老化，干細胞數目顯著降低、增殖分化能力大幅度衰退；制備過程不容易質控；移植給異體可能引起免疫反應；取材時對患者有損傷，患者有骨髓疾病時不能采集，即使是健康供者，亦不能抽取太多的骨髓。這都限制了骨髓間充質干細胞臨床應用，使得尋找骨髓以外其他可替代的間充質干細胞來源成為一個重要的問題。
2006年，我國在胎盤和臍帶組織中分離出間充質干細胞，這種組織來源的間充質干細胞不僅保持了間充質干細胞的生物學特性，而且還具備如下優點：①胎盤和臍帶中的干/祖細胞更原始，有更強的增殖分化能力。②免疫細胞較為幼稚，功能活性低，不會觸發免疫反應及引起移植物抗宿主病。③干細胞易于分離，純度高，無腫瘤細胞污染。④擴增時培養體系能統一，便于質控。⑤可制成種子細胞冷凍，多次使用，冷凍后細胞損失小。⑥潛伏性病毒和病原微生物的感染及傳播幾率比較低。⑦采集時對產婦及新生兒無任何危害及損傷。⑧采集方便，易于保存和運輸，倫理學爭議少。這種胎盤和臍帶來源的間充質干細胞有可能成為骨髓間充質干細胞的理想替代物，并具有更大的應用潛能。
鑒于間充質干細胞具有多向分化潛能、能支持造血和促進造血干細胞植入、調節免疫以及分離培養操作簡便等特點，正日益受到人們的關注。隨著間充質干細胞及其相關技術的日益成熟，臨床研究已經在許多國家開展。作為種子細胞, 臨床上主要用于治療機體無法自然修復的組織細胞和器官損傷的多種難治性疾病；作為免疫調節細胞，治療免疫排斥和自身免疫性疾病。
最初的臨床研究是1995年由Lazarus等人進行的，他們收集緩解期血液腫瘤患者的自體MSC，在體外擴增培養4~7周，然后再靜脈注射入患者體內，患者被分為3組，分別給予不同劑量的MSC，注射后沒有觀察到毒副作用，提示MSC用于移植治療安全可靠。隨后自體MSC的臨床報道逐漸增多，病種涉及放療及化療后造血重建、移植物抗宿主病（GVHD）、心臟系統疾病等，在這些報道中均證明臨床經靜脈輸注安全可靠。
然而自體間充質干細胞的應用過程中逐漸暴露了不便之處：例如擴增能力個體差異很大；潛在的腫瘤細胞污染風險；培養需要一定的時間，不能及時適應病情的需要等。這些制約了自體間充質干細胞的使用。間充質干細胞給未來的再生醫學帶來了新希望, 對間充質干細胞更深入的研究和臨床應用必將在不遠的將來造福人類。其中，胎盤和臍帶來源的間充質干細胞具有分化潛力大、增殖能力強、免疫原性低、取材方便、無道德倫理問題的限制、易于工業化制備等特征，有可能成為最具臨床應用前景的多能干細胞。