綜合比較普通PCR技術和最大耐受量聚合酶鏈反應，認為前者程序簡單，省時，一般的PCR擴增儀都可完成，但缺點是退火溫度不適當時容易出現假陽性;而最大耐受量聚合酶鏈反應雖然程序復雜，需要擴增儀有較大的內存，但能非常有效地降低或避免假陽性，且不在理想的工作條件（比如最佳鎂離子濃度）下也可擴增出產物。
這就是降落PCR技術的優點吧。不過我認為。如果能用普通PCR技術擴出來的話，盡量用普通的聚合酶鏈反應，雖然降落聚合酶鏈反應比較省事省力，但是，它在一個很寬的退火溫度里擴增，亂七八糟的條帶肯定比較多哈。雖然，電泳可能看不到。
降落PCR的一個優點是可以增加某些基因的特異性,不僅我自己在擴基因的艱難歷程中,發現了這一優點,而且也推薦給周圍的人,如果常規PCR循環程序的基因擴增效果不佳,我就來熱啟動加降落PCR.在非特異性背景較高的情況下,這招的確有效,但不絕對。