1.胃運動功能障礙
如果胃運動功能發生障礙，食物在胃內滯留，不能及時將其順利排入十二指腸，必然導致消化不良。
2.胃十二指腸輕度炎癥
據普查發現，在非潰瘍性消化不良患者中，有1/3～l/2的人證實胃有慢性淺表性炎癥，約1/5的人有十二指腸炎。
3.幽門螺桿菌（Hp）感染
在半數以上的非潰瘍性消化不良患者的胃黏膜中，可檢出Hp。
4.精神因素
非潰瘍性消化不良患者多數存在焦慮、抑郁、心緒不寧和疑病癥（特別是恐癌癥）；少數有失眠、精神緊張、說話夸張等神經癥狀，患者常把自己的病形容得非常嚴重，似乎后果不堪設想，致終日憂心忡忡。精神因素能通過自主神經系統，影響胃腸道的運動、分泌及供血等，最終導致非潰瘍性消化不良的發生。