鞭毛是由細胞質伸出的蛋白性絲狀物，其長度通常超過菌體數倍。弧菌、螺菌及部分桿菌具有鞭毛。鞭毛纖細，長3～20μm，直徑僅10～20nm，不能直接在光學顯微鏡下觀察到。經特殊的鞭毛染色使鞭毛增粗并著色后，才能在光學顯微鏡下看到，也可直接用電子顯微鏡觀察到。按鞭毛數目和排列方式，可分為：
（1）周鞭毛，菌體周身隨意分布的許多鞭毛。
（2）單鞭毛，位于菌體一側頂端僅1根鞭毛。
（3）雙鞭毛，位于菌體兩端各1根鞭毛。
（4）叢鞭毛，位于菌體極端有數根成叢的鞭毛。
其功能是：
（1）鑒定價值，鞭毛是細菌的運動器官，細菌能否運動可用于鑒定。
（2）致病作用：鞭毛運動能增強細菌對宿主的侵害，因運動往往有化學趨向性，可避開有害環境或向高濃度環境的方向移動。
（3）抗原性：鞭毛具有特殊H抗原，可用于血清學檢查。