液相質譜聯用技術廣泛用于藥物成分的測定,特別是光學活性藥物的分離。
藥物代謝產物具有化學或熱不穩定性,其檢測、分離和純化一般也用液相色譜質譜聯用技術LC-MS。研究人員還利用液相質譜聯用技術對天然產物(如復合脂質、生物堿和不飽和脂肪酸)粗混合物中的組分進行分離和表征。