4. 質譜鑒定報告文件上傳
PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式輸出的 Sequest 鑒定報告（見注釋 13) 。
( 1 ) 為演示，訪問 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。點擊 “formto obtain the sequest identification demo filew, 出現 “Get your sequest identification demofile” 表單。上傳在 23. 3. 3 節 3 中得到的 Sequest 文件，提交表單。一封帶有 Sequest 關于在 23. 3. 3 節 3 中創建的蛋白質點的鑒定報告郵件通過 email 發送到當前用戶郵箱。這最后一步只是針對演示模擬發送質譜儀的鑒定報告。
( 2 ) 選擇主菜單的 “File based feeding” — “identification results (文本文件)’’ （彈出菜單)。
( 3 ) 選擇用于鑒定樣品的軟件。本演示選擇 “Sequest” 。
( 4 ) 提交表格。出現 “ identification file upload” 新表單（圖 23-9)。
( 5 ) 選擇或者創建鑒定方法（為了演示，你可以創建一個虛構的方法)。
( 6 ) 選擇或者創建一個用于蛋白點比對的數據庫（為了演示，你可以創建一個虛構的數據庫)。
( 7 ) 點擊 “browse” 選擇 Sequest 鑒定報告文件。
( 8 ) 提交。
當處理完成后，系統將通過 e-mail 將一個成功或錯誤的通知發送給當前用戶，如果發生錯誤，蛋白點鑒定信息都將不被保存。按照錯誤報告的建議更正，并重新提交一次文件。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23 . 3. 5 , 凝膠瀏覽器)。
3.4 與其他用戶分享數據
作為 PROTICdb 項目的擁有者，你可以很容易地與其他 PROTICdb 用戶分享數據。你可以規定權限范圍，以及精確地選擇其他用戶可以獲得的權限類別，比如只讀或全部權限。只有 PROTICdb 管理員才可以創建新的用戶賬戶（ 見注釋 14)。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 選擇主菜單上的 “ Administration” — “ project access management” （彈出菜單) 。
( 3 ) 選擇你想要更新其權限的用戶（ 見圖 23-10, 第一步）。
( 4 ) 點擊 “update” 。
a. 對你所擁有的每一個項目，你都可以改變其他用戶的訪問權限（見圖
23-11，第二步）：用戶類型：項目所有者或訪客。項目所有者擁有所有當前項目所有者的全部權限。訪客的權限有限制，默認為只讀；通過 “ can
insert” 和 “ can update” 這兩項的選擇有可能獲得更多的授權。
b. Can insert：通過這個欄目，用戶可以在這個項目中插入新的數據。
c. Can update：通過這個欄目，用戶可以在這個項目中更新已經存在的數據。
3.5 凝膠瀏覽器
凝膠瀏覽器可以用來處理凝膠數據， 一 次可最多同時處理 4 張凝膠。為了方便凝膠的視覺比較，有幾個縮放和圖像同步工具可以使用。可顯示每個蛋白點的總結或完整數據 ，并提供外部數據庫鏈接。凝膠瀏覽器還允許提交新的數據到知識庫。
這些不同點舉例說明如下。
1. 在新凝膠中哪個蛋白質點已經被鑒定過了
新凝膠分析過程中有一步是選擇此前未被鑒定過的蛋白點去做質譜鑒定。凝膠瀏覽器可以將新的凝膠與最多可達3 張的其他主要凝膠進行比較并注釋。在這個例子中，我們用 http: //cms. moulon. inra. fr /content/view/14/44/ 上的演示數據庫（建議安裝本地版本的 PROTICdb 數據庫，并加載上面提到的演示數據集），不過，也可以用你自己的數據集，這個數據集應包含一個主膠和一個還沒被分析過的凝膠（沒有鑒定或是蛋白點檢測數據，見注釋 15 ) 。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 啟動凝膠瀏覽器：主菜單—Gel browser ( 見注釋 16) 。項目框中包含已得到授權瀏覽的項目。如果有的話，可在 “ project summary” 中找到該項目的描述。主凝膠列在 “project summary” 下面。每一個主凝膠后面的括號中都標有名稱和數字系統標簽（見注釋 17) 。非主凝膠列在 “non-master gel” 子目錄中。凝膠名稱后面跟著數據系統標簽。這樣就可以方便地確定哪一個主凝膠是被比對過的。“other gels” 子目錄中包含沒有蛋白點檢測或鑒定數據的凝膠，比如說新的凝膠。
( 3 ) 從 “ projects” 內框（在 “ other gels” 中）中選擇 TB02052306 這個凝膠，點擊 “ load”按鈕（見注釋 18、注 釋 19)。
( 4 ) 重復第三步選擇 DV02041611 (DLFMELANIE) 。這里沒有關于 TB02052306 凝膠的蛋白質點檢測或鑒定信息。我們假設要鑒定這塊膠上的幾個蛋白點，而且還要判斷質譜分析是否需要。我們將 TB02052306 與主凝膠 [ 這里指的是 DV02041611( DLFMELANIE) ] 進行比較，找出先前鑒定過的蛋白點。DV02041611 中已被檢測過的蛋白點被藍色十字標記出來。在這張凝膠的上部顯示，檢測出 1820 個蛋白點，其中有 9 個已經被鑒定過了。要開啟鑒定顯示模式才能檢測到哪些蛋白點已經被鑒定過了。
( 5 ) 在菜單工具欄中選擇“ Mode” — “ ident” 或同時按 Alt i 鍵 。已被鑒定過的蛋白點被紅色十字標記。我們仔細來看看這些蛋白點。
( 6 ) 點擊 DV 02041611 窗口中的任何地方，以確定它被選中。
( 7 ) 沿著縮放滑桿移動光標，選擇縮放級別 3。凝膠的顯示區域在左上角的縮略圖里的藍色方框標注。這個方框可被選擇，拖動縮略圖可改變其顯示面積。
( 8 ) 拖動右邊的 DV02041611 凝膠縮略圖方框，直到有 5 個被鑒定過的蛋白點（紅色十字標記）出現。拖動鼠標到每個蛋白質點上，就會顯示出簡要信息，包括點的編號、編號系統（見注釋 17)、像素坐標，可能還會有評述和功能注釋（只限紅色十字標記）。還可顯示更完整的信息。
( 9 ) 在 342 號蛋白質點（第 8 步選擇的左上角的紅點）上看到對應的摘要框。