Cell：單細胞測序深度解析三陰乳腺癌

　　美國MD安德森癌癥中心聯合瑞典卡羅林斯卡學院的研究人員利用單細胞測序對三陰乳腺癌展開分析，表明耐藥性是來源于現有的帶有基因突變的克隆。這些結果于周四發表在《Cell》雜志上，將對這種癌癥的診斷、預后和治療具有臨床意義。

　　三陰乳腺癌是指雌激素受體、孕激素受體和原癌基因Her-2均為陰性的乳腺癌。這種癌癥約占乳腺癌的10%-15%，可能對新輔助化療有反應，但通常會產生耐藥性。不過，人們尚不清楚耐藥性究竟是由罕見的現有克隆引起，還是由新獲得的基因組異常引起。

　　于是，美國MD安德森癌癥中心聯合瑞典卡羅林斯卡學院的研究人員利用單細胞測序對三陰乳腺癌展開分析，表明耐藥性是來源于現有的帶有基因突變的克隆。這些結果于周四發表在《Cell》雜志上，將對這種癌癥的診斷、預后和治療具有臨床意義。

　　“在這項研究中，我們研究了三陰乳腺癌患者在接受新輔助化療時腫瘤細胞的基因組和表型進化，他們表現出兩種截然不同的克隆動態：消退或持續，”作者寫道。

　　對于一些乳腺癌患者，化療清除了所有的腫瘤細胞。然而，另一些患者在化療后仍有殘留的腫瘤細胞，其基因型和表型在治療后都發生改變。

（圖片來自原文）

　　為此，研究人員利用單細胞DNA和RNA測序，以及大量細胞的外顯子組測序，分析了20名治療過程中的三陰乳腺癌患者。Illumina深度外顯子組測序發現10名患者的腫瘤消退，而另10名患者仍有腫瘤細胞存在。之后，他們對其中的8名開展了單細胞分析。

　　他們使用BD的FACSAria II流式細胞儀來分選單個細胞，并利用混合文庫和Illumina的新一代測序技術來分析。他們通過DNA測序分析了900個單細胞，通過RNA測序分析了6,862個細胞，發現化療中出現的拷貝數畸變是預先存在且適應性選擇的，而表達譜是通過轉錄重編程獲得的。

　　“我們的數據進一步表明，新輔助化療選擇的一小部分基因型被用于轉錄重編程，并在治療之前表達出耐受化療的基因，”研究人員指出。盡管這項研究的樣本量很小，但是它對臨床具有重要意義。

　　作者還寫道：“在接受化療之前，檢測三陰乳腺癌患者的耐藥克隆，也許有助于預測哪些患者有望從化療中受益。其次，將患者分化為克隆消退組和克隆持續組，可能對患者的預后或生存有意義。第三，我們關于耐藥表型的數據有望開發出克服耐藥性的治療策略。”

　　未來的研究將包括配對的原發性和轉移性腫瘤的分析，以便了解耐藥克隆在轉移中的作用。研究人員表示，隨著單細胞DNA測序的產量增加及成本下降，以及同一細胞的單細胞DNA和RNA分析變得可行，這些項目將變得更加可行。