一、預處理
1. 脫蠟至水
（1）二甲苯5分鐘，2次
（2）100%酒精1分鐘，2次
（3）95%酒精1分鐘，1次
（4）85%酒精1分鐘，1次
（5）雙蒸水1分鐘，3次
2. 加熱預處理
（1）熱預處理液（試劑盒內帶）加熱至98-100℃時，放入切片，15-20分鐘。
（2）雙蒸水洗1分鐘，3次
3. 胃蛋白酶消化
（1）將胃蛋白酶先放入37℃溫箱預熱，然后滴加至組織上。
（2）室溫，5-30分鐘（其間用顯微鏡觀察，如果出現細胞核向外突出，有荷包蛋樣改變即可停止，此步較為關鍵，消化不足和消化過了，都會導致假陰性或只有少量陽性）
（3）雙蒸水1分鐘，3次
4. 酒精脫水
（1）85%酒精1分鐘，2次
（2）95%酒精1分鐘，1次
（3）100%酒精1分鐘，1次
（4）室溫或37℃溫箱干燥5分鐘
二、變性和雜交
1. 滴加探針：在組織中央滴加探針（約法10-15 μl），將蓋玻片輕輕的蓋在組織上，避免產生氣泡。
2. 將玻片放在原位雜交儀或原位PCR儀上，如沒有也可平放于鋁制飯盒等底平的器皿底部。
3. 95℃變性5分鐘，如沒有原位雜交儀或原位PCR儀，可將水燒開，拔去插座，放入鋁盒，將水溫控制在95℃-98℃，6分鐘；也
可以放入95℃烤箱內，5分鐘。
4. 快速冷卻至37℃（如沒有原位雜交儀或原位PCR儀，可將鋁盒移至冰水中冷卻），并將玻片移至濕盒內，37℃溫箱孵育12小時。
5. 雜交后，小心除去玻片，放入CAS-BlockTM阻斷液或TBS/Tween20（0.025%）液內洗1分鐘，然后放入75℃的CAS-BlockTM阻斷液洗5分鐘，TBS/Tween20（0.025%）液洗也可達到同樣的效果。
6. 雙蒸水1分鐘，3次
三、免疫顯色
1. 滴加3%甲醇雙氧水液5-10分鐘（室溫）。
2. TBS/Tween20（0.025%）液1分鐘，3次。
3. 滴加封閉液5-10分鐘（室溫）。
4. 擦去多余封閉液，滴加小鼠抗地高辛抗體室溫30分鐘。
5. TBS/Tween20（0.025%）液1分鐘，3次。
6. 滴加HRP-抗鼠抗體室溫30分鐘。
7. TBS/Tween20（0.025%）液1分鐘，3次。
8. DAB顯色5-30分鐘（鏡下控制，以組織芯片同時達到預期強度為標準）。
9. 自來水洗。
四、襯染和封片
1. 蘇木素淺染10-30秒
2. 水洗，藍化，梯度酒精脫水，二甲苯透明，中性樹膠封固。