NGS文庫制備新品實現5hmC分析

　　近年來，新一代測序(NGS)平臺在甲基化研究中開始嶄露頭角。它們帶來了非常靈敏的DNA甲基化圖譜，以單分子分辨率覆蓋整個CpG島。然而，對于時下熱門的5-hmC研究，似乎還缺乏專門的樣品制備工具。為此，Zymo Research公司近日推出兩款新的NGS文庫制備試劑盒，適用于全基因組范圍的5-hmC和5-mC分析。

　　5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC)是這幾年備受關注的一種表觀遺傳學修飾，可能參與了DNA去甲基化或基因表達調控。對于全基因組范圍的甲基化分析，亞硫酸氫鹽測序是一種常用方法，但無法區分5-mC和5-hmC。

　　Zymo Research此次為5-hmC研究帶來了RRHP? 5-hmC文庫制備試劑盒(RRHP? 5-hmC Library Prep Kit)，利用對不同甲基化狀態敏感的MspI來制備測序文庫。它的操作流程如下：首先用MspI消化基因組DNA，然后連接接頭，并用 β-葡萄糖基轉移酶在5-hmC的羥基上添加葡萄糖，從而防止接頭被消化。之后再次進行MspI消化，而那些缺乏5-hmC的片段接頭將被消化。只有兩側帶有完整接頭的片段能夠被擴增，用于后續的測序。

　　由此看來，這一過程并不復雜，不需要亞硫酸氫鹽轉化，只是多了幾步酶切和回收。樣品量的要求也不高，不少于100 ng基因組DNA即可。此系統制備的文庫與Illumina的HiSeq和MiSeq測序平臺兼容。

　　同時，Zymo Research也推出另一款Pico Methyl-Seq?文庫制備試劑盒(Pico Methyl-Seq? Library Prep Kit)，適用于常規的亞硫酸氫鹽測序。這款試劑盒的獨特之處在于起始量特別低，只需要10 pg – 100 ng基因組DNA，特別適合珍貴樣品(如FFPE)或靶向富集樣品的甲基化分析。

　　在亞硫酸氫鹽測序中，傳統的文庫制備方法通常要將基因組DNA片段化，末端修復，連上接頭，亞硫酸氫鹽轉化，接著進行擴增。這需要大量的DNA以及多次純化，導致珍貴的DNA樣品損失。而此試劑盒先開展亞硫酸氫鹽轉化，接著采用獨特設計的引物進行三輪的擴增，從而實現了微量樣品的分析。與上面介紹的RRHP? 5-hmC文庫制備試劑盒一樣，此系統也與HiSeq和MiSeq測序平臺兼容。