pcr
產物測序的最大風險是有在凝膠上看起來的一個條帶，實際上有多個分子。也就是說長度相似的分子有可能在電泳的時候只有一條帶。如果只是進行pcr產物回收，沒有進行凝膠分離的過程的話，東西可能更多了。問題就在于，如果出現雙峰或者多峰，這個樣品就白送了，什么也結果也沒有。
特別你現在用的還是簡并引物，本身目標就是為了能擴增出目標片段來，比較建議先做ta克隆，然后測序的時候，最好挑幾個克隆去測，不要只送一個克隆。現在測序也不貴，這樣一次測上幾個克隆，也可以確認在擴增出來的片段中，是否只有一個分子，還是其實有多個不同序列的片段。
另外，長度選擇的問題，既然設計了簡并引物，就是要釣取目前序列還未知的基因，可以選擇從長片段開始測序，根據這個結果再考慮短的片段是否需要再繼續測序。只有拿到目標序列了，才能決定下一步采用什么方式來獲得全長的基因片段。