PCR 簡單來說就是在合適條件下，熱變性-復性-延伸過程的不斷重復。整個過程有點像是織圍巾，但也不完全是這樣。織圍巾（PCR）所必須的原材料有這樣幾個元素織樣（模板）、起針（引物對）、毛線（dNTP）和針（Taq酶以及緩沖體系）。
首先要將織樣拆解開（通過95℃高溫，將DNA雙鏈拉鏈狀解鏈），然后將實現織好的起針配合在織樣上（通過退火將合成的引物結合在單鏈的模板上），按照織樣（模板），沿著起針（引物）用毛衣針（Taq酶）將毛線（dNTP）一針針連接上去（72℃下延伸擴增）。
通過對所有織樣（包括原先的模板及新形成的模板）的拆解（解鏈）及新的起針（引物）搭配（結合）、編織（Taq酶擴增）這樣循環n次后，圍巾的數量就以2的n次方（產物量就以2的n次方）增多了。
PCR試驗最早是以Klenow片段進行擴增的，由于這種酶高溫會變性，所以最早的PCR實驗員是很苦逼的，每個循環都需要開蓋、加酶、換水浴鍋，這樣35個循環……后來發現了Taq酶之后，事情就簡單了，由于Taq酶可以應付高溫環境，于是就產生了新的PCR儀，也就是現在的定時變溫金屬浴。還有別忘了加熱蓋，沒有熱蓋的話，管內高溫會導致液體全都蒸發到管蓋上，就沒法擴增了。
PCR的技巧，關鍵的PCR技巧在于引物的設計，這個我們以后還可以深入解釋。但有的時候，如果要克隆固定片段，引物設計位置是定死的，只能微調，那什么引物設計軟件都是白搭。
其次的關鍵是鎂離子濃度，鎂離子是Taq酶的激活劑，濃度過低會導致PCR產量下降，濃度過高則會產生非特異性擴增。