隨著分子生物學技術的發展，檢測基因結構和突變的方法不斷涌現.尤其是PCR技術問 世以后，各種與PCR相結合的基因檢測技術進一步推動了基因研究的發展.如不對稱 PCR產物的直接測序、核糖核酸酶酶切法(Ribonuclease cleavage，RNAase)、限制性 片段長度多態性分析(Restriction Fragment Length PolymorPhism，RFLP)等等。
已成 為基因分析的有力工具.但這些方法操作比較繁瑣，局限性較大，或要求實驗條件 高，不適合一般臨床實驗室使用.1989年問世的PCR-SSCP(下文稱SSCP)作為檢測基因 突變的方法，經不斷地改進和完善，更為簡便、快速、靈敏，不但用于檢測基因點突 變和短序列的缺失和插入，而且還被用于DNA定量分析，監測PCR診斷實驗中的交叉污染情況，以及傳染源的調查等.由于SSCP的突出的優點，近幾年被大量地應用.
一、SSCP的原理及特點
日本Orita等研究發現，單鏈DNA片段呈復雜的空間折疊構象，這種立體結構主要是由 其內部堿基配對等分子內相互作用力來維持的，當有一個堿基發生改變時，會或多或 少地影響其空間構象，使構象發生改變，空間構象有差異的單鏈DNA分子在聚丙烯酰 胺凝膠中受排阻大小不同.因此，通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)，可以非常 敏銳地將構象上有差異的分子分離開.作者稱該方法為單鏈構象多態性 (Single-Strand Conformation PolymorPhism，SSCP)分析.
在隨后的研究中，作者又 將SSCP用于檢查PCR擴增產物的基因突變，從而建立了PCR-SSCP技術，進一步提高了 檢測突變方法的簡便性和靈敏性.其基本過程是:
①PCR擴增靶DNA;
②將特異的PCR擴增 產物變性，而后快速復性，使之成為具有一定空間結構的單鏈DNA分子;
③將適量的單 鏈DNA進行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳;
④最后通過放射性自顯影、銀染或溴化乙錠顯色分析結果.
若發現單鏈DNA帶遷移率與正常對照的相比發生改變，就可以判定該鏈構 象發生改變，進而推斷該DNA片段中有堿基突變.該方法簡便、快速、靈敏，不需要特 殊的儀器，適合臨床實驗的需要.但它也有不足之處.
例如，只能作為一種突變檢測方 法，要最后確定突變的位置和類型，還需進一步測序;電泳條件要求較嚴格;另外，由 于SSCP是依據點突變引起單鏈DNA分子立體構象的改變來實現電泳分離的，這樣就可 能會出現當某些位置的點突變對單鏈DNA分子立體構象的改變不起作用或作用很小 時，再加上其他條件的影響，使聚丙烯酰胺凝膠電泳無法分辨造成漏檢.
盡管如此該 方法和其他方法相比仍有較高的檢測率.首先，它可以發現靶DNA片段中未知位置的堿 基突變.Takao，經實驗證明小于300bP的DNA片段中的單堿基突變，90%可被SSCP發 現，他認為現在知道的所有單堿基改變絕大多數可用該方法檢測出來.另外，SSCP方 法可通過聚丙烯酰胺凝膠電泳將不同遷移率的突變單鏈DNA分離，并且還可以進一步 提純.用這種方法可以最終從DNA序列水平上鑒別突變DNA片段.
二、SSCP的不斷改進
SSCP技術自創立以來，經歷了自身發展和完善的過程，剛建立時是將同位素摻入PCR 擴增物中，通過放射自顯影來顯示結果.
這給該技術的推廣造成一定的困難，隨著DNA 銀染方法與PCR-SSCP結合，尤其是直接溴乙錠染色方法的應用，使得該方法大大簡化. 最近，SSCP值得注意的改進是將DNA-SSCP分析，改為RNA-SSCP分析，其基本原理是: RNA有著更多精細的二級和三級構象，這些構象對單個堿基的突變很敏感，從而提高 了檢出率，其突變檢出率可達90%以上.另外，RNA不易結合成雙鏈，因此可以較大量 的進行電泳，有利于用溴化乙錠染色.但該方法增加了一個反轉錄過程;還需要一個較 長的引物，內含有啟動RNA聚合酶的啟動序列，從而相對地增加了該方法的難度.
為了進一步提高SSCP的檢出率，可將SSCP分析與其它突變檢測方法相結合.其中與雜 交雙鏈分析(HeterocluPlex analysis，Het)法結合可以大大提高檢出率.Het法是用 探針與要檢測的單鏈DNA或RNA進行雜交，含有一對堿基對錯配的雜交鏈可以和完全互 補的雜交鏈在非變性PAG凝膠上通過電泳被分離開.對同一靶序列分別進行SSCP和Het 分析可以使點突變的檢出率接近100%，而且實驗簡便.
三、PCR-SSCP的實驗操作
在小于1Kb長度的情況下，DNA片段長度與丙烯酰胺的濃度選擇如下:
DNA片段長度(核苷酸數) (%)
1Kb～700b 3.5
700b～500b 5
500b～200b 8
200b 12
在進行SSCP前首先要通過PCR擴增出特異性好的產物(瓊脂糖電泳不能有過強的拖尾).
1)制備聚丙烯酰胺凝膠(PAG)
按上表制所需的膠液，將梳子插入模子，從梳子一端加入膠，當膠液快到梳齒時，使 模子向加膠端傾斜，繼續慢慢加膠，邊加邊放端模子以防止氣泡形成，室溫放置1h使 之凝固.然后拔掉梳子，頂部加入1×TbE封閉，備用.
2)電泳
取10μlPCR產物，加入10μl變性劑(95%甲酰胺，10mmol/LEDTA0.02%溴酚藍)、30μl 石蠟油，煮沸5min，取出立刻放入冰浴中2min以上，然后將水相全部上樣，10-15℃下 電泳.開始在300V電壓下電泳5min，然后在120V電泳8h，取下凝膠，將其浸在含 0.5ug/ml溴化錠的1×TbE緩沖液中染色30--45min，在紫外燈下觀察，或進行銀染.
3)銀染法
將PAG板用去離子水洗二次，浸入10%乙醇和0.5%冰醋酸溶液固定6min.用去離子水洗 二次，再浸入0.2%AgNO3溶液中10min.用去離子水洗3--5次，然后浸入1.5%NaOH和 0.4%甲醛溶液中顯色7min.最后，用0.75%NaCO3終止顯