全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”發表在著名學術期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下來，就一起來看下研究人員是如何利用高通量測序技術RNA-seq和大規模shRNA文庫技術揭示circRNA在局限性前列腺癌中表達特征和生物功能的。文章導讀：前列腺癌是人類特有的疾病，在歐美是男性最常見的惡性腫瘤之一，在美國前列腺癌發病率占第1位，死亡率僅次于肺癌。加拿大多倫多大學的研究者首先選取了144例有詳細臨床信息的前列腺癌樣本，進行全轉錄組測序（RNA-seq），共識別鑒定了7千多個circR......閱讀全文
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
揭示腸道細菌調控表觀轉錄組修飾促進結直腸癌轉移機制
結直腸癌是常見惡性腫瘤之一，是全世界發病人數第三、死亡人數第二的惡性腫瘤。結直腸癌在我國同樣不容樂觀。盡管結直腸癌的治療手段不斷發展，但晚期轉移性結直腸癌患者的預后生存仍然不理想，我們需要對結直腸癌的轉移機制有更深刻的認識。 近年來，隨著宏基因組測序等研究手段的不斷進展，人們發現腸道菌群能廣泛
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
【技術前沿】空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
環狀RNA結合功能蛋白
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉錄前
揭秘m6A修飾新功能－－－－調控染色質狀態和轉錄活性
文章導讀 m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。 2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院
云序生物環狀RNA研究文章匯總
環狀RNA“一站式”服務一直以來是云序生物的主打產品，嚴格的質控把關、嚴謹的實驗設計、出色的生信分析以及貼心的售后服務造就了多項世界首篇環狀RNA研究文章，受到了廣大客戶的一致好評。迄今為止，云序已經積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病，客戶發表文章達
circRNA機制研究匯總（一）
文章導讀超強子調控circRNA-Nfix缺失誘導成年小鼠心肌梗死后再生circRNAs正在成為心臟發育和疾病強有力的調節因子，但其在心臟再生中的作用仍然未知。鑒于此，作者與他的團隊探究了與超增強子(SEs)相關的circRNA-Nfix在小鼠心肌梗死后再生過程中的功能，并探究了其調節心臟重塑的分子
circRNA在胃癌海綿調控機制的應用（二）
3. hsa_circ_0004872作為分子海綿吸附miR-224作者首先通過FISH實驗觀測到hsa_circ_0004872主要分布在細胞質。然后通過RIP-qPCR驗證到hsa_circ_0004872與AGO2蛋白結合，pull down實驗顯示hsa_circ_0004872與miR-2
circRNA在胃癌海綿調控機制的應用（三）
6. 體內實驗驗證hsa_circ_0004872抑制腫瘤發生和轉移通過皮下注射過表達hsa_circ_0004872的BGC-823細胞和對照組BGC-823細胞發現，過表達hsa_circ_0004872組生成的腫瘤明顯小于對照組，并且腫瘤中Smad4和p21表達升高。尾靜脈注射實驗也發現過表達
測序與芯片揭示miRNA調控海參夏眠機制
海參（Apostichopus japonicus），是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物，以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨，上層海水由于太陽光強烈照射，溫度上升。此時，海底的小生物都浮到海面，進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參，迫于夏季食物中斷，進入夏眠，此時，其基礎代謝率明
2020年環狀RNA高分文章怎么發？
環狀RNA作為最新發現的RNA分子，從誕生之日起就是光環加身，屢屢登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期發表的《2019研究前沿》中，“環狀RNA作為癌癥新的生物標志物”成為生物科學領域6個新興前沿之一。2019年環狀RNA共發表SCI論文885篇，較2018年增長約20%，
環狀RNA結合功能蛋白！找對方向20分文章水到渠成
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉
研究揭示纖維小體轉錄調控因子的結構功能機制
纖維小體是一類可以高效降解木質纖維素生物質的多酶復合體，在生物質能源與合成生物學中具有廣泛的應用價值。產纖維小體細菌根據底物種類調控纖維小體組分的表達，從而實現對特定底物類型的高效降解。在典型的產纖維小體細菌熱纖梭菌中，一類特殊的σ和anti-σ因子SigI-RsgI負責感應底物并調控纖維小體基
研究揭示噬菌體蛋白調控宿主轉錄的分子機制
7月11日，國際學術期刊《自然-通訊》（Nature Communications）在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所合成生物學重點實驗室張余研究組與浙江大學醫學院馮鈺研究組合作完成的題為Structural basis for transcription anti
生物物理所揭示基因組重復序列Alu調控轉錄新機制
7月12日，中國科學院生物物理研究所薛愿超團隊在《自然》（Nature）上，在線發表了題為Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究論文。 轉錄調控在維持細胞功能和正常發育過程中起著關鍵作用。其中，增
揭秘m6A修飾新功能－－－－調控染色質狀態和轉錄活性
m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。 2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院北京基因組研究所
illumina測序是轉錄組測序嗎
轉錄組測序屬于測序應用的一種，Illumina測序屬于測序技術的一種，兩者沒有包含于被包含關系，只能說Illumina測序可以做轉錄組測序。
5篇m6A甲基化文章教你如何使用純測序數據得高分
2019年m6A修飾曾創下單月發表100+篇10分影響因子文章佳話。2020年1月17日何川教授團隊最新Science揭示了m6A新功能---調控染色質狀態和轉錄預示m6A等RNA修飾將仍然是目前最為熱門的科研方向。 云序生物是國內最早提供m6A測序的科研平臺，也是客戶發表文章最多的RNA甲基化測
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組測序流程步驟
以真核轉錄組測序為例，實驗流程為總RNA提取-mRNA分離-建庫試劑-定量-文庫回收-橋式擴增-上機測序；項目分析流程為數據產出數據=數據去雜-轉錄組拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注釋-基因表達差異分析-差異基因表達模式聚類-差異基因富集分析。
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titanium第二代
全基因組重測序技術揭示綿羊尾脂形成的分子生物學機制
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所肉羊遺傳育種科技創新團隊揭示了中國地方綿羊品種在適應性馴化過程中，如何通過基因組層面的選擇和重組來影響綿羊尾型的遺傳進化機制。相關研究成果已發表在《BMC Genomics》上。圖片來源于網絡 綿羊的尾型是一個重要的經濟性狀，可以為綿羊提供能量抵御惡劣環境
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
5篇m6A甲基化文章教你如何使用純測序數據
文章導讀2019年m6A修飾曾創下單月發表100+篇10分影響因子文章佳話。2020年1月17日何川教授團隊最新Science揭示了m6A新功能---調控染色質狀態和轉錄預示m6A等RNA修飾將仍然是目前最為熱門的科研方向。m6A甲基化與mRNA關聯分析案例一：非洲爪蟾睪丸組織中m6A甲基化圖譜發表
Nature子刊發布重磅測序技術：基因組和轉錄組平行測序
四月二十七日的Nature Methods雜志上發布了一項引人注目的測序技術，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。該技術能夠實現大規模的DNA和RNA平行測序，同時展現單個細胞的基因組序列和基因活性。 研究人員用G&T-seq對220個小鼠
分子植物卓越中心揭示天然反義轉錄本調控機制
近期，中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所研究員何玉科研究組在Nature Communications上，發表題為Natural antisense transcripts of MIR398 genes suppress microR398 processing and a