納米孔測序儀真機現身ASHG

　　英國Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因組生物學技術進展年會(AGBT)上發布了一款便攜式的基因組測序儀MinION，性能強勁，價格給力，引發市場轟動。然而，大半年過去了，納米孔測序儀卻遲遲不見蹤影，連更早發布的GridION也未上市。于是，生物界開始議論紛紛，有人質疑是否有些技術障礙無法突破。

　　就在此時，Oxford Nanopore攜帶這兩款測序儀現身本周在舊金山舉行的美國人類遺傳學協會的年會(ASHG)，讓我們一睹其芳容。一些參會者在SeqAnswers論壇上貼出了納米孔測序儀的照片。

　　GridION 系統使用帶有多個蛋白納米孔的陣列芯片來分析DNA、RNA和蛋白等。該芯片放置在一次性的cartridge內，cartridge隨后上樣到節點(node)內。用戶可以連接若干個這樣的節點，平行工作。在ASHG上，他們展示了兩款cartridge，一款可上樣一個樣品，一款可上樣96個樣品。根據公司官員的說法，工程師們正在開發一款cartridge，以便上樣384個樣品。

　　從圖片上來看，MinION并不如我們想象地那么小，比鼠標要長，有點像遙控器。MinION是即插即用的一次性系統，產量也不如GridION那么高。根據之前的介紹，此款儀器的售價低于900美元。

　　Oxford Nanopore之前曾表示，這兩款系統都有望帶來高達100 kb的讀長，而原始錯誤率大約在4%左右。不過，在ASHG上，他們并未展示系統所產生的數據，但表示目前正在開展早期試用計劃，將在該計劃完成后開始商業化。不過，它并未提供一個時間表，也沒有透露早期試用者的名單。

　　鑒于此，有人也博客上表達了他們的不滿。一位“Mike the Mad Biologist”博主質疑，該公司是否能解決它所面臨的挑戰。“如果他們已經解決了插入缺失的問題，產生了很好的序列，比方說，大腸桿菌K-12基因組，那么他們為什么不公布數據?”

　　在評論中，一位網友“earonesty”提到，他們一直在申請一些MinION來測試各種樣品類型，但被拒絕。他們也詢問了一些參數，如預計的樣品量和濃度，以便做好準備，但也沒有回應。

　　如此看來，Oxford Nanopore可能還沒有完全準備好。第三代測序儀當年來勢洶洶，似乎隨時能打敗二代測序儀。然而，幾年過去了，Helicos也許會關門，Complete Genomics可能被華大基因收購，而納米孔測序儀也遲遲未上市，只有Pacific Biosciences還在艱難前行。