CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
兩年前，一個縮寫為CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，規律間隔成簇短回文重復序列）的基因編輯工具橫空出世，席卷了許多實驗室。而在這一系統被開發的數億年前，細菌和古細菌就利用其非常精確的對幾乎每個基因組中的任意序列進行精確修改了。 而且這也不是生物學家第一次利用到CRISPR 的作用。早在十年前，奶酪和酸奶制造商們其實就已經通過 CRISPR 生產能夠更好抵御外來噬菌體的發酵材料。“這是一種非常有效的去除病毒的方法，”杜邦營養健康研發部主任Martin Kullen說，“CRISPR 一直被用于解決食物浪費的問題”。 發酵過程中噬菌體感染是乳制品生產過程中一直存在的問題，也是一個重要的問題。據世界著名的丹麥科漢森（Chr. Hansen）公司估計，全球大約有2%生產出來的奶酪都受到了噬菌體的攻擊。這種感染還會減少牛奶發酵劑的酸化過......閱讀全文
病毒和噬菌體載體的基本介紹
病毒主要有DNA(或RNA)和外殼蛋白組成,經包裝后成為病毒顆粒。通過感染,病毒顆粒進入宿主細胞,利用宿主細胞的合成系統進行DNA(或RNA)復制和殼蛋白的合成,實現病毒顆粒的增殖。把感染細菌的病毒專門稱為噬菌體,由此構建的克隆載體則稱為噬菌體克隆載體。 噬菌體作為載體,可插入長10～20kb
CRISPR序列幫助理解噬菌體宿主相互作用的演變歷史
近日，一項刊登在國際雜志The ISME Journal上的研究報告中，來自美國能源部聯合基因組研究所的研究人員利用來自北加州鐵山公司的宏基因組數據庫和專門的工具，在CRISPRs的幫助下成功地在生態系統研究中將宿主和噬菌體進行了連接。未經培養的微生物和其噬菌體之間的相互作用可以影響局部生態系統
古老病毒序列，竟可調控鳥類大腦基因！
病毒與宿主在漫長的演化過程中的相互作用，會對宿主產生深遠的影響。近日，我國科學家最新發現了古病毒與鳥類演化的有趣關聯。研究人員發現，古老病毒曾經插入到鳥類DNA中，并伴隨著雀形目鳥類的物種大爆發，從而在鳥類宿主里不斷增殖。有意思的是，鳥類不僅可以高效的清除掉增殖的病毒DNA，有時還會利用殘余的病毒來
我國獲得輸入性黃熱病毒全基因序列
國家衛計委13日通報，我國確診一例輸入性黃熱病病例。今日，記者從中國疾控中心獲悉，該中心病毒病預防控制所和北京市疾病預防控制中心合作，獲得了輸入性黃熱病病毒的全基因序列。 據悉，中國疾控中心病毒病預防控制所和北京市疾病預防控制中心合作，在病人血液標本中直接獲得了病毒全基因組序列。該病毒基因組全
中國新型冠狀病毒的基因組序列
《自然》雜志2月3日發表了新型冠狀病毒的基因組序列（論文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒樣本系從一名曾在最先爆發疫情的海鮮市場工作過的患者體內分離得到。基因組分析顯示，該病毒與此前在
后微生物組時代－首次發現人體特有的病毒組
我們人體中的病毒會影響微生物群體的結構和行為，但是關于身體許多區域的噬菌體，也就是感染細菌的病毒，科學家們所知甚少。近期一組研究人員發現，在膀胱中整合進細菌基因組的是噬菌體要比細菌本身多得多，這項出乎人意料的研究發現公布在1月29日的the Journal of Bacteriology雜志上。
科學家闡明三種經典模式動物的“腸道密碼”
噬菌體占腸道病毒的90%以上，作為腸道菌群的關鍵調控因子，與炎癥性腸病、結直腸癌、糖尿病等疾病密切相關。盡管小鼠、豬和食蟹猴被廣泛用作腸道研究模型，其噬菌體多樣性仍缺乏系統認知，跨物種比較及與人類噬菌體的關聯機制研究近乎空白。6月20日，中國科學院深圳先進技術研究院定量合成生物學全國重點實驗室、合成
RNA病毒擴拉檢測的質控品和標準品研究進展
RNA病毒如丙型肝炎病毒（HCV）、人免疫缺陷病毒（HIV）、嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒（SARS-CoV）等的核酸檢測對于感染的早期診斷和抗病毒治療療效的動態觀察具有重要價值。自1983年發明聚合酶鏈反應（PCR）技術以來，出現了基因擴增的概念。目前多采用核酸擴增技術（NAT）檢測病毒RNA，
新型噬菌體遞送系統，選擇性攻擊有害細菌/病毒
噬菌體療法是一種很有前途的抗生素替代療法，因為它只會攻擊特定病原體，不會損害人體正常細菌，更不會為多藥耐藥性提供滋生土壤。但是，治療性噬菌體難以純化，更難的是如何被輸送至感染部位，特別是肺部病灶。 喬治亞理工學院領導的研究小組展示了一種新型遞送技術，這是一種含有噬菌體的干燥、多孔微粒，在動物實
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
兩年前，一個縮寫為CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，規律間隔成簇短回文重復序列）的基因編輯工具橫空出世，席卷了許多實驗室。而在這一系統被開發的數億年前，細菌和古細菌就利用其非常精確的對幾乎每個基因組中
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
兩年前，一個縮寫為CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，規律間隔成簇短回文重復序列）的基因編輯工具橫空出世，席卷了許多實驗室。而在這一系統被開發的數億年前，細菌和古細菌就利用其非常精確的對幾乎每個基因組中
Nat－Commun：驚奇！居然有病毒攜帶黑寡婦蜘蛛毒素基因
一種微小的病毒可能像黑寡婦蜘蛛一樣蜇人。這是美國范德堡大學病毒學家Sarah Bordenstein和Seth Bordenstein對一種攻擊沃爾巴克氏體（Wolbachia）---該寄生菌不僅成功地感染黑寡婦蜘蛛而且也成功地感染一半以上的節肢動物物種（包括昆蟲、蜘蛛和甲殼綱動物）---的病毒
2月王牌聚焦：人體內微生物研究推陳出新
近年來人體腸道微生物組成為了研究“新寵”，這方面研究主要聚焦于細菌，那么人體內的病毒，噬菌體呢？2月的系列進展也許能給出部分答案。 芝加哥洛約拉大學的一組研究人員分析來自181位女性患者膀胱中收集到的序列數據，從他們研究的200個細菌基因組中鑒定出大部分細菌都有的450多種可能的噬菌體序列。超
我國首次完成寨卡病毒全基因組序列測定
2月22日，記者從軍事醫學科學院獲悉，該院與廣州市第八人民醫院、出入境檢驗檢疫系統相關單位密切合作，在獲得從委內瑞拉歸國患者臨床標本后，采用高通量測序技術，于2月21日直接從尿液中獲得病毒全基因組序列。 寨卡病毒屬黃病毒科，是一種主要由伊蚊傳播的蟲媒病毒。1947年首次在烏干達寨卡叢林中的恒河
中國嚴防人感染豬流感疫情－組織專家分析病毒序列
昨晚，衛生部新聞辦公室表示，已經收到世界衛生組織通報，美國和墨西哥發生了人感染A/H1N1豬流感疫情，衛生部、農業部、國家質檢總局等相關部門高度重視，正組織專家對病毒序列進行分析。此外，國家質檢總局昨晚發布緊急公告，公布四項嚴防措施，防止豬流感傳播，保護出入境人員的健康安全。 據了解，目前
噬菌體展示技術常見問題與解答
1、在噬菌體展示技術的應用中，M13噬菌體與其他噬菌體比有什么優點？ M13噬菌體和與其密切相關的絲狀噬菌體fd和f1均為非裂解性噬菌體，它們在增殖期間均不裂解宿主菌。這就極大地簡化了每輪淘選過程之間的中間噬菌體純化步驟，只用簡單的PEG沉淀方法就足以將噬菌體與其他所有污染的細胞蛋白分開
生物載體分類
質粒載體質粒載體是一種相對分子質量較小、獨立于染色體DNA之外的環狀DNA(一般有1～200 kb左右，kb為千堿基對)，有的一個細菌中有一個，有的一個細菌中有多個。質粒能通過細菌間的接合由一個細菌向另一個細菌轉移，可以獨立復制，也可整合到細菌染色體DNA中，隨著染色體DNA的復制而復制。噬菌體載體
基因組重排的重組類型
基因重組是指一個基因的DNA序列是由兩個或兩個以上的親本DNA組合起來的。基因重組是遺傳的基本現象,病毒、原核生物和真核生物都存在基因重組現象。減數分裂可能發生基因重組。基因重組的特點是雙DNA鏈間進行物質交換。真核生物,重組發生在減數分裂期同源染色體的非姊妹染色單體間,細菌可發生在轉化或轉導過程中
從腸道菌群到腸道病毒群
腸道菌群早以已經成為熱點科技新聞概念，其核心要點是腸道內細菌是維持健康的重要因素。其實腸道菌群自己身體內也有另外一種生命，就是細菌病毒，又稱為噬菌體。最近有研究發現，腸道內細菌感染的噬菌體對人體健康也具有重要價值，這些病毒無法裸露生活，都必須隱藏在細菌體內寄生。這里形成一個非常有趣的現象，人的腸
PLOS－ONE報道一種新噬菌體——巨型長尾病毒
目前，一個國際研究小組，在南部非洲納米比亞平原的一具斑馬尸體中，發現了一種新的巨型長尾病毒(或噬菌體)，這種病毒能夠感染引起炭疽病的細菌。這種新的噬菌體，最終可能會為檢測、治療或凈化炭疽桿菌(anthrax bacillus)及其引起食物中毒的近緣菌種，開辟新的途徑。這項研究成果發
λ噬菌體的局限性λ噬菌體
實驗方法原理 本實驗以含原λ噬菌體和缺陷噬菌體λdg的雙重溶原菌gal+作為供體,經紫外線誘導后,獲取能轉導半乳糖發酵基因的高頻轉導噬菌體裂解液,然后讓這些轉導噬菌體將gal+基因轉移到受體菌gal-中去。實驗材料 供體菌 : Escherichia coli K12 F2 gal + (帶有原噬菌
哈爾濱病毒基因序列確定為德爾塔－詳細信息公開
9月24日，哈爾濱市召開疫情防控新聞發布會。會上通報，9月23日0時-24時，哈爾濱市新增新冠肺炎確診病例15例，均在巴彥縣 。根據目前已檢出病例基因測序情況看，顯示為德爾塔毒株 ，相關流調溯源工作正在國家、省疾控專家指導下，緊張有序開展，如果有結果將及時向社會公布。 上述新增確診病例均是在集
武漢檢驗科：通宵自測病毒序列，看到結果即感不妙
晚上9點，是記者和劉為勇約定的采訪時間。 然而，直到深夜12點以后，他還沒有回復微信。 劉為勇在武漢，華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院檢驗科，做新型冠狀病毒檢測工作。檢驗科新型冠狀病毒檢測團隊部劉為勇在實驗室 直到第二天下午，記者才等到他。 熬3通宵測出全基因組序列 拿到結果有不好預感
Nature重大成果：揭示125000個病毒基因組
在地球的內部、地球之上以及地球的周圍，微生物的數量達到了10^30，估計超過了銀河系中的星星。微生物已知在調控碳固定，維持全球氮、硫、磷和其他營養素的循環中起至關重要的作用，但目前大多數的微生物仍然是無法培養和未知的。美國能源部正以這一“微生物暗物質”作為目標，更好地了解地球微生物的多樣性，收集
Nature重大成果：揭示125000個病毒基因組
在地球的內部、地球之上以及地球的周圍，微生物的數量達到了10^30，估計超過了銀河系中的星星。微生物已知在調控碳固定，維持全球氮、硫、磷和其他營養素的循環中起至關重要的作用，但目前大多數的微生物仍然是無法培養和未知的。美國能源部正以這一“微生物暗物質”作為目標，更好地了解地球微生物的多樣性，收集
研究發現人類腸道病毒因人而異
已知人類腸道中存在的大多數病毒是噬菌體，但它們如何與定植在體內的細菌相互作用一直是個懸而未決的問題。雖然微生物組近年來成了研究熱點，但科學家們仍然有很多關于腸道菌群的未解之謎，尤其是涉及到腸道中的病毒。 近日，發表在Cell Host & Microbe上的一項研究中，來自愛爾蘭科克大學的研究
Nature－|－云計算助力發現新型病毒
病毒給人類的健康帶來了巨大的威脅，比如1918年的西班牙流感、AIDS、埃博拉、SARS、新冠病毒等。據估計，能夠造成人群傳染病的病毒有3x105之多，然而可惜的是人們只認識其中的很少一部分。因此，在全球范圍內對病毒進行監測是預測和預防未來病毒傳播的最有效手段之一。借助于新技術，比如高通量測序，人類
東北地理所旱地黑土T4型噬菌體研究取得突破
不同生態環境下T4型噬菌體群落分布特征的Unifrac分析 病毒是地球上數量最多的生命體，在控制寄主群落演替、遺傳基因的水平移動、生物進化和地球生物化學循環中起到重要的作用。細菌病毒(噬菌體)數量上一般是細菌的10倍左右，被認為是地球上數量最多的病毒類型。盡管噬菌體廣泛存在，
前導序列
中文名前導序列外文名leader sequence前導序列是結構基因中編碼區之前的一段序列，這部分序列能被轉錄，但不被翻譯，在mRNA是從5′端起至結構基因第一編碼子開始點（通常 AUG）為止，在蛋白質合成過程中不被翻譯。
中國學者《Microbiome》揭示腸道噬菌體組與II型糖尿病相關性
中科院深圳先進技術研究院合成生物學研究所（籌）的研究人員發表了題為“A Human Gut Phage Catalog correlates the Gut Phageome with Type 2 Diabetes”的文章，通過人腸道噬菌體集揭示腸道噬菌體組和II型糖尿病的相關性，這首次證實