印度實施大規模基因組測序計劃
據4月19日《印度教徒報》消息，印度將實施一項涉及1萬人的基因組測序項目，以便進一步開展相關疾病防治研究。 2003年人類基因組首次被測序，開啟了將個體特定基因與疾病相關聯的新途徑。包括囊性纖維病、珠蛋白生成障礙性貧血等在內的近萬種疾病與單個基因故障有關。同時基因還可能對特定藥物具有不同敏感性，基因測序還顯示癌癥可以從基因角度來理解，而不是特定器官的病變。從全球來看，目前很多國家已經開展了居民樣本基因組測序，以確定其中的易患病或抗病基因特性。 目前，印度的基因組數據主要局限于富裕的城市人群。為使基因組信息更具廣泛性，印度科學與工業研究理事會將對來自全印的約1000名農村年輕人進行基因測序，繪制基因組圖譜。這1000名年輕人大部分為全印各地生命科學或生物學專業的大學生。研究者稱，此研究不僅是收集樣本試驗，而且將到各個大學對這些學生進行基因組教育，并且提供一個系統以便這些學生能夠獲取他們的基因組信息。研究者希望最終使基因組測......閱讀全文
Nature發布基因組測序驚人發現
來自沖繩科學技術研究院大學(OIST)的一支研究團隊與合作者們，完成了對兩個稱作為柱頭蟲(acorn worm)的小水生生物物種的測序，顯示相比于許多其他動物，我們與柱頭蟲共享了更多的基因，確立了它們是我們的遠親。研究結果發布在《自然》（Nature）雜志上。 研究發現，所有后口動物（deut
Nature發布基因組測序重要發現
由科隆大學Roman Thomas領導的一個國際研究小組，對110個小細胞肺癌（SCLC）樣本進行了測序，發現除了兩個樣本其余所有的均包含失活的TP53和RB1基因。通過調查這一疾病的基因組景觀，他們還發現有不少的腫瘤具有與TP73基因相關的基因組重排或突變，以及激酶基因突變和Notch家族基因
最新基因組測序成果盤點
近來，各大雜志上陸續發表了不少重要的基因組測序成果。the scientist雜志對此進行了盤點，以饗讀者。 種屬：野鴨，綠頭鴨(Anas platyrhynchos) 基因組：約13 billion bp 鴨子是幾乎所有甲型流感病毒的天然宿主(包括H5N1)。日前，研究人員測
基因組測序揭示家鴿起源史
2月1日，由美國猶他大學、深圳華大基因研究院等單位合作完成的鴿子基因組研究成果在《科學》雜志在線發表。該研究從分子層面揭示了家鴿的起源歷史，并發現了鴿子羽冠多樣性的遺傳基礎。 據悉，鴿子是目前為數不多的已完成測序的鳥類之一，其基因組與家雞、火雞、斑馬雀及虎皮鸚鵡的基因組一起，將為鳥類的群體
Science公布最新基因組測序結果
來自法國農業科學研究院（Institut National de Recherche Agronomique）的研究人員發表了題為“Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome”
基因組測序助力腫瘤精密治療
最近，約翰霍普金斯大學Kimmel癌癥中心的科學家，在對101例胰腺癌患者的血液和腫瘤進行基因組測序后發現，至少三分之一患者的腫瘤有基因突變，這些突變有朝一日可能幫助指導疾病的精密治療。他們說，與標準的影像學檢查方法相比，血液檢測的結果，可以早半年預測到癌癥的復發。 約翰斯霍普金斯大學醫學院腫
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
讓基因組測序繞過PCR擴增
在基因組測序中，PCR擴增似乎是繞不過去的一步。然而，PCR也帶來一些問題，包括不均勻擴增，導致某些序列的比例過高。對目前的新一代測序（NGS）平臺而言，測序某些堿基組成上存在嚴重偏向的基因組區域仍是一大挑戰。在GEN雜志上，Patricia Fitzpatrick Dimond博士介紹了PCR
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
GenomeBiology發布基因組測序重要成果
Genome Biology雜志發布了遠東豹（Far Eastern Amur leopard）的首個全基因組序列，為人們揭示了肉食對基因多樣性和種群規模的影響。“我們將遠東豹基因組與其它哺乳動物基因組進行比較，發現肉食似乎是很強的選擇壓力。這種現象在雜食動物和食草動物中并不明顯。舉例來說，牛吃肉對
基因組測序揭示家鴿起源史
2月1日，由美國猶他大學、深圳華大基因研究院等單位合作完成的鴿子基因組研究成果在《科學》雜志在線發表。該研究從分子層面揭示了家鴿的起源歷史，并發現了鴿子羽冠多樣性的遺傳基礎。 據悉，鴿子是目前為數不多的已完成測序的鳥類之一，其基因組與家雞、火雞、斑馬雀及虎皮鸚鵡的基因組一起，
PNAS：基因組測序的驚人發現
科學家們發現，水母（平凡的海洋生物）經過漫長的進化變成了生活在其它動物體內的奇特寄生蟲。這項研究發表在本周的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 Myxozoa是感染無脊椎動物和脊椎動物宿主的微小寄生蟲，由少數幾個細胞組成。美國堪薩斯大學的研究人員對這種生物進行了基因組測序，發現它們實際上是高度
小麥野生遠祖基因組測序完成
11月15日出版的《自然》雜志刊登了一篇研究論文稱，美國加州大學戴維斯分校科學家領導的國際團隊，成功為小麥的一種野生遠祖——節節麥（Aegilops tauschii）進行了基因組測序，向破解小麥基因組難題邁進了一步。 作為全球主要糧食作物，小麥為人類提供了超過20%碳水化合物和23%蛋白質等
簡述單分子測序技術—第三代測序技術的基因組測序應用
由于具有讀長長的特點，SMRT測序平臺在基因組測序中能降低測序后的Contig數量，明顯減少后續的基因組拼接和注釋的工作量，節省大量的時間[25]。Christophern等[26]僅僅用0.5*的Pacbio RS系統長度的數據與38*的二代測序(NGS)的測序數據，對馬達加斯加的一種指猴基因
人類基因組測序先驅欲進軍生物醫療測序領域
J. Craig Venter(中)希望通過利用基因組學實現對抗衰老的目標 美國人類基因組測序先驅J. Craig Venter將和其新創立的公司Human Longevity Inc.(HLI)進軍生物醫療測序領域。HLI是“基因組學和細胞的診斷與治療公司”，計劃于今年夏季啟動，終極目標
新突破！掌上測序儀首次完成人類全基因組測序
最近，英國牛津大學（Oxford University）Wellcome Trust人類遺傳學中心（Wellcome Trust Centre for Human Genetics）和在基因組分析領域領先的英國公司Genomics plc宣布，首次使用掌上納米孔測序儀完成了多個人類全基因組測序和
人類基因組測序先驅欲進軍生物醫療測序領域
J. Craig Venter(中)希望通過利用基因組學實現對抗衰老的目標。 美國人類基因組測序先驅J. Craig Venter將和其新創立的公司Human Longevity Inc.(HLI)進軍生物醫療測序領域。HLI是“基因組學和細胞的診斷與治療公司”，計劃于今年夏季啟動，終極目
國內首個菊花腦基因組測序納米孔測序再發高分論文
菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間，十分復雜，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博士等利用ONT平臺解析了可能代表栽培菊屬祖先基因組的二倍體菊花腦基因組，分析表明其演化受重復序列爆發和近期WGD事件的驅動，該基因
突破耐藥基因組測序缺陷－靶向測序對抗耐藥菌新契機
自以抗生素為代表的抗菌劑問世以來，細菌對人類健康的危害得到了極大的控制。然而進入21世紀后，情況好似走入了另一個極端——由于抗生素濫用所致的耐藥菌的出現以及廣泛傳播。這是由于在藥物的選擇壓力下，敏感菌株被抑制或殺滅，天然耐藥或獲得性耐藥菌株則繼續生存、繁殖和克隆傳播，導致細菌的耐藥性增高。 細
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
個人基因組測序收費將大幅降價
新華社倫敦2月9日電針對個人的基因組測序服務剛出現時，測序費用高達上百萬美元，普通人望塵莫及。不過，美國一家公司計劃從今年6月開始，推出低價個人基因組測序業務，顧客只需支付5000美元，就可向這家公司預約基因組測序服務。 據英國《新科學家》雜志網站報道，這家名為“完全基因組”的公司位于美國
個人基因組測序預測能力遭質疑
一項新的研究給全基因組測序對每個人都很有用的說法潑了一盆冷水。圖片來源：N.J. Roberts等，《科學—轉化醫學》 ?“每個人都將擁有自己的基因組序列，并且可以將這些信息裝在一個U盤中”——生物醫學家曾這樣給我們描繪一幅美妙的藍圖，當脫氧核糖核酸（DNA）測序變得很廉價時，這一
中藥材“甘草”基因組測序完成
日本理化學研究所、千葉大學、高知大學和大阪大學等組成的一個研究小組宣布，他們對中藥材“甘草”進行了全基因組測序，成功取得了推測的全部基因94.5%的基因信息。 甘草是一種豆科植物，廣泛應用于各種中藥中，是重要的中藥原料。它具有改善肝功能、治療消化性潰瘍、抗炎癥及止疼止咳等多種功效。甘草根部富含
科學家完成柑橘基因組測序
美國佛羅里達大學研究人員帶領的一個國際研究小組日前完成了對甜橙和克萊門氏小柑橘（為柑橘與酸柑雜交的品種）樹的基因測序工作，并公布了相關基因圖譜，這在柑橘屬果樹中尚屬首次。 研究人員稱，該基因圖譜的公布將有助于科學家找到新方法來對抗包括柑橘黃龍病（又稱黃枯病、青果病，對柑橘危
The－scientists盤點最熱門的基因組測序
The scientist雜志對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點，以饗讀者。 一種新病毒 種屬：果蝠皰疹病毒（FBAHV1） 基因組：149,459bp 日本北海道大學的研究團隊測序了一種新病毒的基因組序列，并將結果發表在六月十八日的Journal of Virology雜志上。
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
人類基因組測序的緣起
雖然公眾對于開展人類基因組測序已經翹首以待，但是為這項計劃舉辦的首次協調會卻令人泄氣。1984年夏季，美國能源部（DOE）健康與環境研究項目主任查爾斯·德利西（Charles DeLisi）召開了專家會議，旨在評估人類基因組測序技術的可行性。自20世紀80年代早期以來，能源部的研究人員一直在致力
PacBio助力感染菌株基因組重測序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遺傳與基因組中心的副主任。他目前領導著一些專攻治療和診斷的合作項目，而他自己的研究也主要在病原體檢測，藥物基因組學，睡眠與遺傳的關系幾個方面展開。在加入西奈山之前，他曾經就職于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
法國擬建高速基因組測序分析平臺
法國總理菲利普17日在巴黎宣布，法國在法蘭西島大區（又稱“巴黎大區”）和中部奧弗涅—羅訥—阿爾卑斯大區啟動建設兩個高速基因組測序分析平臺，以推動法國基因組相關研究的發展。 法國政府去年6月提出“法國基因組醫學2025”計劃，這兩個基因組測序分析平臺的建設就隸屬該計劃，預計將于2018年正式開始
Nature－Methods發布基因組測序新工具
十月十七日Nature Methods雜志發表的一項研究顯示，新測序技術與新算法的結合可以為人們揭示復雜基因組的詳細信息。加州大學戴維斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人員的FALCON-Unzip算法能夠將長讀取測序數據裝配成高度準確、連續和正確定相的二倍體基因組。 隨