聚合酶鏈反應(PCR)技術引物設計的注意事項
擴增已知基因時經過初次篩選和二次篩選后得到的引物基本上能夠滿足要求,但是當運用比較基因組學分離新基因時,設計引物還應注意以下兩點:① 模板的選擇。如果以DNA為模板設計引物, 首先在Genebank中找到與待分離新基因同源的其它物種的該基因。利用工具把已檢索到的基因進行同源性比較,根據比較基因組定位的原理,選擇研究深入、標記稠密的人和哺乳動物(如小鼠)保守功能基因DNA序列設計引物,該引物區段要求在各物種間絕對保守,差異不要大于2 bp,特別是3’端必須完全同源。如果以電腦克隆策 略獲得的待分離物種新基因的EST一重疊群為模板設計引物,要求ESTs與信息探針之間同源性大于80%,長度大于100 bp,并且避免在EST的并接部位和可能的外顯子與內含子剪接位點處設計引物。②引物序列最好位于相臨的外顯子區且至少距離外顯子與內含子剪接處25 bD以上,這樣便于對擴增出來的片段進行功能鑒定和表型分析。......閱讀全文
聚合酶鏈反應(PCR)-技術引物設計的注意事項
擴增已知基因時經過初次篩選和二次篩選后得到的引物基本上能夠滿足要求,但是當運用比較基因組學分離新基因時,設計引物還應注意以下兩點:① 模板的選擇。如果以DNA為模板設計引物, 首先在Genebank中找到與待分離新基因同源的其它物種的該基因。利用工具把已檢索到的基因進行同源性比較,根據比較基因組定位
聚合酶鏈反應(PCR)-技術引物的設計以及初步篩選
①引物的長度一般為15-30 bp,最好在18~24 bp,因為太短易形成錯配(False priming) 降低特異性,而太長也會降低特異性,并且降低產量 。②引物在模板內最好具有單一性,也就是說在模板內部沒有錯配。特別是3’端,一定要避免連續4個以上的堿基互補錯配。③引物序列的GC 含量最好在4
聚合酶鏈反應(PCR)-技術引物的最終評估
當我們經過初次篩選和二次篩選后得到的那對引物便可以用于合成,合成后我們經過 PCR擴增可以對引物進行最終的評估。一是PCR擴增的特異性和效率。經過PCR條件優化后能否獲得特異性條帶,即無目的條帶之外的多余條帶。另外,PCR產物的量是否足夠,即無不出帶和條帶很弱的現象。二是以DNA為模板設計引物時,P
聚合酶鏈反應的引物設計原則
PCR反應中有兩條引物,即5′端引物和3′引物。設計引物時以一條DNA單鏈為基準(常以信息鏈為基準),5′端引物與位于待擴增片段5′端上的一小段DNA序列相同;3′端引物與位于待擴增片段3′端的一小段DNA序列互補。(1)引物設計的基本原則引物長度:15-30bp,常用為20bp左右。引物堿基:G+
聚合酶鏈反應(PCR)-技術引物的二次篩選
引物的二次篩選是指在初次篩選出的幾對引物中進一步篩選出適合我們進行特異、高效PCR擴增的那對引物。本步應注意以下兩點,一是得到的一系列引物分別在Genebank中進行回檢。也就是把每條引物在比對工具(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) 的blast nr中進行同源
影響聚合酶鏈反應的引物設計相關介紹
要擴增模板DNA,首先要設計兩條寡核苷酸引物,所謂引物,實際上就是兩段與待擴增靶DNA序列互補的寡核苷酸片段,兩引物間距離決定擴增片段的長度,兩引物的5’端決定擴增產物的兩個5’末端位置。由此可見,引物是決定PCR擴增片段長度、位置和結果的關鍵,引物設計也就更為重要。 引物設計的必要條件是與引
關于基因擴增技術—聚合酶鏈反應的引物介紹
基因擴增技術—聚合酶鏈反應結果的特異性取決于引物的特異性,擴增產物的大小也是由特異引物限定的。因此,引物的設計與合成對PCR的成功與否起著決定性的作用。合成的引物必須經聚丙烯酰胺凝膠電泳或反向高壓液相層析(HPLC)純化。因為合成的引物中會有相當數量的“錯誤序列”,其中包括不完整的序列和脫嘌呤產
PCR技術要素引物設計原則
①引物長度: 15-30bp,常用為20bp左右。②引物擴增跨度: 以200-500bp為宜,特定條件下可擴增長至10kb的片段。③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴增效果不佳,G+C過多易出現非特異條帶。ATGC最好隨機分布,避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。④避免引物內
PCR實驗技術指南(引物設計)
所謂“工欲善其事,必先利其器”,這年頭手工設計引物的人似乎不多,還是用軟件方便些,防止你一不小心看走眼,丟一個堿基,同時計算起來也方便。設計軟件有很多,既可以在線設計(如Primer3 http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi),
PCR技術中引物設計有哪些注意事項?
(1)堿基要隨機分布,且與模板內部序列沒有較高的相似性。(2)引物自身及兩引物之間不應存在互補序列(少于5個相同的堿基連續排列)。(3)引物長度一般在15-30個堿基之間。過長會導致延伸溫度大于74℃,不適于Taq酶進行反應。
PCR實驗技術指南之引物設計
PCR實驗技術指南之引物設計??????? 所謂“工欲善其事,必先利其器”,這年頭手工設計引物的人似乎不多,還是用軟件方便些,防止你一不小心看走眼,丟一個堿基,同時計算起來也方便。設計軟件有很多,既可以在線設計,也可以用Primer、Oligo等等。細心地進行引物設計是PCR 中zui重要的一步。理
口蹄疫聚合酶鏈反應(PCR)
?20世紀90年代初,PCR技術日趨成熟,也滲入到FMD的診斷中。這一技術特異性強,靈敏度高,可檢測多種組織樣品,檢測病毒RNA的PCR方法已經成為FMDV檢測方法中的一種,PCR方法具有極高的靈敏度(其理論值為一個病毒粒子的核酸),因為它僅需要極少量的反應模板,而且可以設計多循環PCR反應。由于僅
普通pcr引物設計和熒光定量pcr引物設計的區別
一、方法不同1、普通pcr引物設計:引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。2、熒光定量pcr引物設計:通過熒光染料或熒光標記的特異性探針,標記跟蹤PCR產物進行實時監測反應,利用與之相適應的軟件對產物進行分析,計算待測樣品模板的初始濃度二、原理不同1、普通pcr引物設計:為了找到一對合適的核
聚合酶鏈式反應(PCR)引物設計軟件介紹
Primer Premier5.0 (自動搜索)vOligo6 (引物評價)vVector NTI SuitvDNAsisvOmigavDNAstarvPrimer3 (在線服務)
PCR引物設計技巧
自從1985年美國PE—Cetus公司的人類遺傳研究室 Mullis等發明了具有劃時代意義的聚合酶鏈反應(PCP0 以來,PCR已經成為了分子生物學領域最基本也是最重要的技術手段之-[ I。然而能否找到一對合適的核苷酸片段作為引物,使其有效地擴增模板DNA序列,無疑決定著PCR的成敗。現在動物遺傳育
PCR引物設計技巧
自從1985年美國PE—Cetus公司的人類遺傳研究室 Mullis等發明了具有劃時代意義的聚合酶鏈反應(PCP0 以來,PCR已經成為了分子生物學領域zui基本也是zui重要的技術手段之-[ I。然而能否找到一對合適的核苷酸片段作為引物,使其有效地擴增模板DNA序列,無疑決定著PCR的成敗。現在動
PCR引物設計原則
實驗步驟首先引物與模板的序列要緊密互補,其次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配) ,再次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構。引物設計應注意如下要點:1.引物的長度一般為15-30 bp,常用的是18-27 bp。2.引物序列在模板內應當沒有相似性較高,尤其是3’端相似性
PCR引物設計原則
? PCR引物設計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段,使其能有效地擴增模板DNA序列。因此,引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。要設計引物首先要找到DNA序列的保守區。同時應預測將要擴增的片段單鏈是否形成二級結構。如這個區域單鏈能形成二級結構,就要避開它。如這一段不能形成二級結構,那就可
PCR引物設計原則
PCR引物設計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段,使其能有效地擴增模板DNA序列。因此,引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。要設計引物首先要找到DNA序列的保守區。同時應預測將要擴增的片段單鏈是否形成二級結構。如這個區域單鏈能形成二級結構,就要避開它。如這一段不能形成二級結構,那就可以在
PCR引物設計原則
PCR引物設計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段,使其能有效地擴增模板DNA序列。因此,引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。? 要設計引物首先要找到DNA序列的保守區。同時應預測將要擴增的片段單鏈是否形成二級結構。如這個區域單鏈能形成二級結構,就要避開它。如這一段不能形成二級結構,那
PCR引物設計原則
實驗概要PCR是目前研究DNA、RNA等核酸的非常有效和最主要的方法之一。本Protocol對于PCR引物設計中的一些基本原則給予闡述,希望能對廣大研究人員的研究工作帶來方便。實驗步驟首先引物與模板的序列要緊密互補,其次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配) ,再次引物與引物之間避
PCR引物設計技巧
自從1985年美國PE-Cetus公司的人類遺傳研究室 Mullis等發明了具有劃時代意義的聚合酶鏈反應(PCP) 以來,PCR已經成為了分子生物學領域最基本也是最重要的技術手段之一 。然而能否找到一對合適的核苷酸片段作為引物,使其有效地擴增模板DNA序列,無疑決定著PCR的成敗。現在動物遺
聚合酶鏈反應技術的注意事項
不適宜人群:1)凝血功能差者。(2)胃血管瘤(質軟) 檢查前禁忌:1.檢查前一天避免吸煙,以免檢查時因咳嗽影響插管。 2.要有成人親友陪伴,術前取下假牙。 3.檢查前一天晚飯后不應再吃東西,檢查當天早晨不應再喝水。 檢查時禁忌:1.告知醫生您的既往病史及藥物過敏史。 2.囑病人在操作中
PCR的引物怎樣設計
PCR引物設計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段,使其能有效地擴增模板DNA序列。因此,引物的優劣直接關系到PCR的特異性與成功與否。要設計引物首先要找到DNA序列的保守區。同時應預測將要擴增的片段單鏈是否形成二級結構。如這個區域單鏈能形成二級結構,就要避開它。如這一段不能形成二級結構,那就可以在
聚合酶鏈反應(PCR)技術的發展和應用1
第一節 概述 聚合酶鏈反應或多聚酶鏈反應(Polymerase Chain Reaction, PCR),又稱無細胞克隆技術(“free bacteria”cloning technique),是一種對特定的DNA片段在體外進行快速擴增的新方法。該方法一改傳統分子克隆技術的模式,不通過活細胞,操作
聚合酶鏈反應(PCR)技術的發展和應用2
第五節 PCR各處應用模式 一、兼并引物(Degenerate Primer)PCR 密碼子具有兼并性,如表22-4,單以氨基酸順序推測編碼的DNA序列是不精確的,但可以設計成對兼并引物,擴增所有編碼已知順序的核酸序列。用兼并引物時寡核苷酸中核苷酸序列可以改變,但核苷酸的數量應相同。兼并度越低,
qRTPCR的引物設計注意事項
qRT-PCR有自己的引物標準,簡單而言,引物設計要用專門的軟件,qpcr引物設計原則包括內參基因與目的基因在內的所有引物Tm值不應相差兩度。擴增片段的長度以200-300 bp為宜。除此之外,還需要注意以下法則:? ? 1)用于突變體的基因表達量鑒定時,引物最好設在兩個外顯子之間,橫跨中間的內含子
PCR擴增技術為什么要設計引物?
在PCR中DNA聚合酶不能從頭合成DNA,只能從3’端延伸DNA新鏈,DNA聚合酶只能將單個脫氧核苷酸連續結合到已有的核酸片段上,因此,DNA復制需要引物。
聚合酶鏈反應PCR反應體系
PCR是20世紀80年代由美國西特斯公司的一批科學家、技術人員和商人發明的,主要發明者凱利·穆利斯(Kary Mullis)因此獲得了1993年的諾貝爾化學獎。其他科學家和技術人員,包括厄立克(Henry Erlieh)、安海姆(Norman Arnheim)、才木(Ran—daliSaiki)、霍
設計引物遵循原則、引物保存和各種PCR的引物設計
一 設計引物應遵循以下原則1 、引物長度: 15-30bp,常用為20bp左右。2 、引物擴增跨度: 以200-500bp為宜,特定條件下可擴增長至10kb的片段。3 、引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴增效果不佳,G+C過多易出現非特異條帶。ATGC最好隨機分布,避免5個以上