巴西開發計算機模擬平臺設計新藥
巴西國家科學計算實驗室近日發布了巴西也是南半球首個幫助新藥物設計的受體-配基分子對接模擬平臺。這一免費的開放平臺將有助于研發治療艾滋病與南美錐蟲病等疾病的藥物。 治療艾滋病、癌癥等疾病的藥物，要與細胞的特定蛋白質結合才能發揮療效。與藥物結合的細胞蛋白質被稱為受體，受體與藥物結合的分子基團則被稱為配基。篩選合適的受體和配基已成為新藥物研發的重要環節。 據介紹，通常研發一種新型藥物需要耗費10到15年和巨額資金，很大部分是花費在篩選受體和配基的實驗上。但巴西開發的這一新型平臺，以計算機模擬分子結構，并可根據各參數自動模擬受體與配基結合過程，有望大大加快新藥的研發進程。......閱讀全文
藥物動力學模擬新算法，將減少新冠藥物開發時間
英國《自然》雜志近日在線發表一篇重磅研究。在美國華盛頓大學蛋白質設計研究所所長、2021年生命科學突破獎獲得者戴維·貝克的帶領下，研究人員創造了一種生產蛋白質藥物的強大新方法。利用計算機，他們設計了可以針對體內重要蛋白質（如胰島素受體，以及病毒的表面蛋白）的小分子結合蛋白。這一進展或有助于開發應對諸
巴西開發計算機模擬平臺設計新藥
巴西國家科學計算實驗室近日發布了巴西也是南半球首個幫助新藥物設計的受體-配基分子對接模擬平臺。這一免費的開放平臺將有助于研發治療艾滋病與南美錐蟲病等疾病的藥物。 治療艾滋病、癌癥等疾病的藥物，要與細胞的特定蛋白質結合才能發揮療效。與藥物結合的細胞蛋白質被稱為受體，受體與藥物結合的分子基團則
分子模擬的概念
一些微生物和正常宿主細胞或細胞或細胞外成分有相似的抗原表位，感染人體后激發的免疫應答也能攻擊人體的細胞或細胞外成分，引起自身免疫性疾病。
我國農業生物藥物分子設計平臺建設取得可喜進展
國家“863計劃”現代農業技術領域通過攻關發現并鑒定了一系列基因和蛋白新靶標，在農業生物藥物分子設計平臺建設方面取得可喜進展。 從受體蛋白、基因等水平發現和鑒定了新的生物藥物靶標，為生物藥物分子設計和創制奠定了基礎。首次通過量化計算的方法構建了新煙堿受體可能的作用模型；通過3H標記吡蟲啉和IPP化
什么是糖苷配基？
糖苷配基是糖苷分子中的非糖體部分，是配糖類化合物通過氫原子移除糖基后的剩余物質。
分子模擬的原理優勢
利用適當的簡化條件，將原子間的作用等效為質點系的運動，從而避免了求解繁瑣的量子力學方程。原子的運動遵從牛頓第二定律，質點系整體遵從哈密頓原理。與之對應，完全從量子力學出發進行的原子計算稱為”第一性原理(ab into)計算“。第一性原理計算雖然精度高，但是計算復雜，難以實現大規模的模擬。而分子模擬則
分子模擬的應用特點
分子模擬是指利用理論方法與計算技術，模擬或仿真分子運動的微觀行為，廣泛的應用于計算化學，計算生物學，材料科學領域，小至單個化學分子，大至復雜生物體系或材料體系都可以是它用來研究的對象。
分子模擬的主要方法
分子模擬的主要方法有兩種：分子蒙特卡洛法和分子動力學法。
分子模擬的工作類型
分子模擬的工作可分為兩類：預測型和解釋型。預測型工作是對材料進行性能預測、對過程進行優化篩選，進而為實驗提供可行性方案設計。解釋型工作即通過模擬解釋現象、建立理論、探討機理，從而為實驗奠定理論基礎。
染料配基層析法純化蛋白質實驗——染料配基法
染料配基層析不是真正意義的親和層析，因為它們并不是與它們結合的蛋白質的天然配基。然而染料柱能很好地結合蛋白質，并能導致滿意地純化蛋白質。事實上，有時這種結合甚至比正常的配基更緊。染料配基柱通常是廉價和穩定的，并且具有較高的蛋白質結合容量。所以染料配基層析能作為蛋白質純化中有價值的步驟之一。來源：《蛋
Nature－Methods發布首個DNA精確模擬平臺
模擬可以將實驗手段無法直接觀察到的活動呈現在人們眼前。科學家們日前開發了首個能夠精確模擬DNA的平臺，有助于研究DNA的結構改變，以及DNA與蛋白和藥物的互作。 分子動力學可以解析發生在不同時間尺度上的過程（從皮秒到分鐘），適用于不同規模的分析體系（從納米到米）。這一技術能用來模擬DNA的各種
德國建世界最大鉆探技術模擬平臺
德國克勞斯塔爾工業大學下薩克森能源研究中心將建設一座深鉆技術模擬平臺，它將是該領域世界同類裝置中最現代化、功能最強大的研發裝置。該項目總投資約 1000萬歐元，其中通過歐洲區域發展基金(EFRE)獲得500萬歐元，下薩克森州投入資金約400萬，克勞斯塔爾工業大學及參加能源研究中心的協作企業和
糖苷配基的名詞含義
糖苷配基是糖苷分子中的非糖體部分，是配糖類化合物通過氫原子移除糖基后的剩余物質。按照糖苷配基的種類，可以分為烷基糖苷、芳香糖苷、雙萜糖苷及三萜糖苷等。
親和色譜配基的選擇
純化生物大分子的配基(ligand)可以選小的有機分子,也可以選天然的生物高分子作理想的配基,它首先必須對欲純化的大分子具有很高的親和力。另外這些配基必須具備可修飾的基團,而且通過這些基團與載體形成共價鍵。這些共價鍵的形成不致于嚴重地影響配基與欲純化蛋白質的親和力。用于親和層析的配基有酶的底物、酶的
藥物研發新途徑受全球歡迎，共享分子平臺發出解鎖邀約
藥物分子的研究是一個龐大的體系性工作。在藥物研發的早期過程中，可能會有許多臨床前分子由于各種原因遲遲未能達到藥物狀態，其研究只好擱置，不知何時何地才會再次重啟。這不能不說是一種極大的資源浪費。更糟糕的是，這樣的擱置可能會帶來無盡的遺憾：如果能持續研究，這些分子或許早已變成了藥物，挽救了千百萬人的
德研究人員找到可模擬合成生命起源關鍵分子新“配方”
生命如何在地球上起源是至今未解的問題，科學界認為ＲＮＡ（核糖核酸）在其中發揮著關鍵作用，但一直沒找到模擬遠古地球環境而合成ＲＮＡ的方法。科研人員近日找到一種新“配方”，可以用遠古地球上存在的簡單物質模擬合成ＲＮＡ的基本“模塊”。 ＲＮＡ是重要的遺傳物質，它被認為在原始生命的遺傳信息傳遞和蛋白質
分子模擬的定義和原理
分子模擬（Molecular Simulation） 利用計算機以原子水平的分子模型來模擬分子結構與行為，進而模擬分子體系的各種物理、化學性質的方法。它是在實驗基礎上，通過基本原理，構筑起一套模型和算法，從而計算出合理的分子結構與分子行為。分子模擬不僅可以模擬分子的靜態結構，也可以模擬分子體系的動態
Discovery－Studio——全方位抗體模擬計算平臺
與小分子藥物相比，生物療法提供了一系列獨特的益處。這使得以抗體和其他生物治療方式（如雙特異性抗體）為中心的研發項目大幅增加。然而，這些項目還必須克服小分子藥物在安全性和藥代動力學方面所面臨的類似挑戰。高免疫原性和低溶解度是影響抗體藥物開發和療效的重要因素。Discovery Studio從抗體序列出
地高辛配基隨機標記DNA探針
1．標記DNA探針 每次標準的反應可標記10ng至3μg線性的DNA，也可標記更大量的DNA，但所有的成分和體積要相應增加。 （1）DNA探針熱變性，煮沸10min，迅速冷卻于冰/乙醇中5min以上，待用。 （2）取Eppendorf管（1.5ml）置于冰上，加下列及試劑：
關于強心苷的配基介紹
配基是強心苷的藥理活性部分，配基本身對心肌的作用微弱而短促，但與糖結合后其作用的強度和持久性均增加。糖的部分影響強心苷的藥物動力學性質（吸收、半衰期、代謝等）。在中國，已從30余種植物中提出可供臨床應用的強心苷類。3000年前，古埃及人已知多種含強心苷的藥用植物。18世紀末，英格蘭醫師、植物學家
英偉達推出生成式AI藥物發現平臺開啟新布局
人工智能計算領導者英偉達（NVIDIA）在過去的一年里接連投資幾家AI藥物開發公司，其在藥物開發領域的雄心壯志正在成為全世界的焦點。?日前，英偉達宣布了三項新舉措，其中包括與安進（Amgen）子公司deCode進行新的合作。英偉達表示，deCode將利用英偉達的超級計算機和BioNeMo生成式人工智
量子系統模擬分子再創紀錄
最新一期《自然》雜志刊登了量子計算機領域一項重大突破：IBM公司科學家利用其研發的全新算法，成功在7量子位系統中模擬出氫化鈹（BeH2）分子，是迄今量子系統模擬的最大、最復雜分子，打破了以往紀錄。新研究意味著用小型量子系統研發新藥和各種新材料指日可待。 當今超級計算機能模擬氫化鈹和其他簡單分子
超導器件可以模擬分子振動光譜啦！
量子化學模擬已成為量子計算機的「殺手級」應用之一。近年來，Google，IBM和其他IT公司為了模擬分子結構，一直在設計越來越好的超導比特。最開始，為了計算分子的基態能量,人們提出了量子相位估計算法。然而，這種量子算法的可擴展性對于目前的量子技術來說要求太高。一種替代方法被稱為“變分本征值求解法
分子模擬技術發展和應用
近年來分子模擬技術發展迅速并在多個學科領域得到了廣泛的應用。在藥物設計領域，可用于研究病毒、藥物的作用機理等；在生物科學領域，可用于表征蛋白質的多級結構與性質；在材料學領域，可用于研究結構與力學性能、材料的優化設計等；在化學領域，可用于研究表面催化及機理等；在石油化工領域，可用于分子篩催化劑結構表征
國內顛覆性突破－新型高通量藥物篩選NanoSPR分子互作平臺
2022年9月1日，Advanced Functional Materials雜志以“An Nanoplasmonic Portable Molecular Interaction Platform for High-Throughput Drug Screening”為題在線發表了華中科技大學
新突破！冷凍電鏡技術和多尺度分子模擬相結合成效頗豐
近日，中國科學院大連化學物理研究所分子模擬與設計研究組研究員李國輝團隊受邀在Current Opinion in Structural Biology上發表綜述文章Multiscale Simulations of Large Complexes in Conjunction with Cryo
FDA批準通道提速，Lucira－Health分子新冠藥物獲批
美國食品和藥物管理局周二批準了 Lucira Health 的分子 COVID-19/流感測試的緊急使用授權。Lucira COVID-19 & Flu 檢測獲準在護理點使用。 據該機構稱，這是與美國國立衛生研究院獨立測試評估計劃 (ITAP) 合作后獲得授權的第一個分子 COVID-19 測試，該
新研究使用人工智能確定藥物分子結構
瑞士研究人員新開發出一種利用人工智能技術確定藥物分子結構的方法，比現有方法效率大大提高，有助于制藥行業開發新藥物。 為充分了解藥物在人體內的功效，研究人員需要確定其分子結構。科研人員常利用核磁共振技術來探測分子結構，但此前的相關計算非常復雜和耗時。 瑞士洛桑聯邦理工學院研究人員在新一期英國《
8月FDA批準的7個新分子實體藥物
2018年8月，美國FDA一共批準了7個新分子實體（指在美國從未作為藥品批準或銷售的活性成分）藥物，其中有多個屬于罕見病新藥。漢鼎好醫友結合FDA官網信息，整理如下： NO.1 藥品名稱：Galafold 活性成分：Migalastat hydrochloride 獲批時間：201808
新冠藥物，引發藥物研發新變革
在新冠藥物研發中，我國新藥研發力量得到加強，實力漸顯。五十余個新冠藥物獲批進入臨床試驗階段，抗疫“三方”中藥新藥獲批上市，我國首款抗新冠病毒藥物獲批上市……經過兩年多的攻堅研發，中國原創新冠藥物正在或即將參與到終結新冠大流行的戰斗中。 國家藥品監督管理局的最新統計數據顯示：截至2022年2月底，