研究開發出酵母泛基因組數字模型與代謝網絡分析方法
近日，中國科學院大連化學物理研究所研究員周雍進團隊與上海交通大學副教授魯洪中合作，在酵母系統生物學研究中取得新進展。研究團隊通過整合分析全球1807株釀酒酵母菌株的基因組與生態位數據，構建了高覆蓋度的釀酒酵母泛基因組及菌株特異性代謝模型，系統解析了酵母通過基因組精簡與代謝重編程適應多樣化環境的分子機制。 釀酒酵母在烘焙、釀酒等領域具有悠久的應用歷史，在自然與人工環境中均展現出強大的適應性進化能力。盡管不同進化分支的菌株在遺傳和表型上存在顯著多樣性，但其在代謝水平上的差異尚不清晰。目前，全球科研與工業界主要依賴少數實驗室菌株，如S288c、CEN.PK，作為出發菌株，限制了對酵母自然多樣性資源的開發與利用。因此，如何篩選最優菌株以構建服務于醫藥、能源、化工等領域的酵母細胞工廠，成為亟待解決的問題。 研究團隊創建了高質量酵母泛基因組與菌株特異性代謝模型數字資源庫。基于此，研究建立了“泛基因組-代謝模型-多組學整合”的多維度分......閱讀全文
認識泛基因組測序
什么是泛基因組？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因組概念（pangenome，pan源自希臘語‘παν’，全部的意思），泛基因組即某一物種全部基因的總稱。2009 年，Li等人首次采用新全基因組組裝方法對多個人類個體基因組進行拼接，發現了個體獨有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
人類泛基因組首個草圖發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500424.shtm5月10日，《自然》發表了人類泛基因組參考的初稿，這一集合旨在最終代表整個人類物種中盡可能多的DNA序列。該項研究組合的人群遺傳物質來自47個遺傳多樣化個體，為人類基因組提供了更完整的
人類泛基因組首張草圖發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515798.shtm （圖片來源：Gideon MendelCorbis via Getty）5月10日，《自然》雜志發表了人類泛基因組參考的“初稿”，在3篇論文的合集中，人類泛基因組參考聯盟（H
概述釀酒酵母的基因組序列
1996年6月，在國際互聯網的公共數據庫中公布了釀酒酵母的完整基因組順序，它被稱為遺傳學上的里程碑。因為首先，這是人們第一次獲得真核生物基因組的完整核苷酸序列；其次，這是人們第一次獲得一種易于操作的實驗生物系統的完整基因組。 [10] 在釀酒酵母測序計劃開始之前，人們通過傳統的遺傳學方法已確定
我國率先構建野生大豆泛基因組
中國農業科學院作物科學研究所與諾禾致源等合作，在國際上率先構建和分析了一年生野生大豆的泛基因組，為作物種質資源研究和利用提供了新的方法和啟示。該研究成果9月14日在線發表于國際著名學術期刊《自然—生物技術》。 項目牽頭人、中國農科院作科所研究員邱麗娟介紹，大豆是重要的油料和高蛋白糧飼兼用作物。
全球首個牧草圖形泛基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495404.shtm?3月3日，四川農業大學（以下簡稱四川農大）草業科技學院教授黃琳凱團隊在國際權威學術期刊《自然—遺傳學》（Nature Genetics）在線發表了題為《美洲狼尾草泛基因組構建、結構變
圖形泛基因組為蘋果精準育種“加碼”
人生嘗到的第一口水果很可能就是蘋果。它不僅口感大眾化，而且營養頗為豐富，是全世界最受歡迎的水果之一。 中國工程院院士、中國農業科學院作科所研究員劉旭指出，當前我國蘋果種業面臨優異種質資源匱乏、核心性狀改良周期長、現代分子技術應用不足等“瓶頸”問題，嚴重制約了蘋果新品種的選育及產業的持續提質增效
首個棉花泛基因組圖譜助力分子育種
近日，華中農業大學棉花遺傳改良團隊發表了題為“Cotton pan-genome retrieves the lost sequences and genes during domestication and selection”的研究論文，公布了目前為止變異類型最豐富的棉花遺傳變異數據集。文章
《自然》發表首個人類泛基因組草圖
當地時間5月10日，人類泛基因組參考聯盟（Human Pangenome Reference Consortium）發表了首個人類泛基因組草圖。相關的四篇論文均已發布，其中三篇發布在《自然》（Nature）雜志，一篇發布在《自然-生物技術》（Nature Biotechnology）雜志。
高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析完成
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支撐。
酵母基因組DNA簡易高效提取方案
1. 10ml菌液過夜培養至飽和（OD600值為2-3）?2. 離心沉降細胞（Sorvall中以2000rpm的速度），然后以冷的、等體積的無菌蒸餾水洗滌?3. 將細胞沉淀在200μl 裂解緩沖液中重懸浮，然后加入約300μl 玻璃珠和200μl的1：1苯酚：氯仿混和液?4. 漩渦搖勻1-2min?
科學家構建鷹嘴豆屬超級泛基因組
鷹嘴豆是世界第三大豆類作物，具有重要的經濟價值和營養價值，其固氮能力能改善土壤肥力，具有獨特的生態價值。但鷹嘴豆的遺傳背景相對狹窄、抵抗生物或非生物脅迫的能力不足，限制了它的育種改良。 5月29日，華大生命科學研究院聯合國際半干旱熱帶作物研究中心、西澳大學、莫道克大學等單位的研究成果發表于《自
科學家構建鷹嘴豆屬超級泛基因組
鷹嘴豆是世界第三大豆類作物，具有重要的經濟價值和營養價值，其固氮能力能改善土壤肥力，具有獨特的生態價值。但鷹嘴豆的遺傳背景相對狹窄、抵抗生物或非生物脅迫的能力不足，限制了它的育種改良。5月29日，華大生命科學研究院聯合國際半干旱熱帶作物研究中心、西澳大學、莫道克大學等單位的研究成果發表于《自然—遺傳
我國科學家首提“人類泛基因組”
人類基因組存在著種群特異甚至個體獨有的DNA序列和功能基因 經過不懈研究和攻關，我國科研人員在人類基因組研究中獲得新的重大進展――發現人類基因組中存在著種群特異甚至個體獨有的DNA序列和功能基因。科研人員還首次提出了“人類泛基因組”的概念。 由深圳華大基因研究院領銜，華南理工大學參與的研
我國牽頭完成高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支
酵母菌基因組DNA的提取實驗
實驗材料 酵母菌試劑、試劑盒 SE緩沖液山梨醇EDTA溶菌酶PVP蛋白酶K緩沖液 Tris儀器、耗材 高速冷凍離心機臺式離心機恒溫水浴低溫冰箱冷凍真空干燥器取液器電泳儀水平電泳槽紫外觀測儀實驗步驟 1. ?1.5 ml ?對數生長期細菌細胞。2. ?離心，12 000 rpm，1-2 min。3.
酵母基因組DNA的玻珠制備法
實驗概要本實驗利用玻珠制備法制備了酵母基因組DNA。主要試劑無菌水，裂解緩沖液，5mol/L NaCl，苯酚，氯仿：已戊醇(24：1)，乙醇，TE緩沖液，EDTA-Sark，蛋白酶K，5mol/L醋酸銨主要設備搖床，玻璃離心管，臺式離心機，玻珠，振蕩器，P-1000移液器，1.5ml離心管實驗步驟1
酵母菌基因組DNA的提取實驗
基本方案 ? ? ? ? ? ? 實驗材料 酵母菌 試劑、試劑盒
泛基因組：賦能未來作物育種的基石
?繪圖：黃怡可 泛基因組（Pan-genome）是一個物種內所有基因組信息的總和，它比單一參考基因組涵蓋了更多的遺傳多樣性。 近年來，科學家已經獲得了多個作物的泛基因組。如何利用這些更為全面的基因組信息培育下一代良
我國完成世界首個番茄超泛基因組構建
4月6日，由新疆農科院加工番茄生物育種創新團隊牽頭，聯合中國農業科學院、新疆大學、新疆農業大學等多家單位，在國際學術期刊《自然·遺傳》在線發表了題為《超泛基因組研究揭示野生和栽培番茄物種基因組和結構變異多樣性》的科研成果。這是新疆農科院首次以第一單位在《自然·遺傳》發表論文。 新疆農科院余慶輝
小麥泛基因組研究揭示我國重大品種演替規律
中國農業科學院作物科學研究所小麥基因挖掘與利用創新團隊聯合國內外科研院校，在基因組水平全面展示了20世紀50年代以來中國小麥育種歷史，揭示了不同層次的結構變異對小麥適應性和育種的影響，為全球種質資源的整合和利用，未來小麥智能設計育種提供了重要基因組支撐以及新的視角和策略。相關研究成果以研究長文的形式
水稻泛基因組研究方面取得突破性進展
近日，廣東省農業科學院水稻研究所分子育種團隊在水稻泛基因組研究方面取得突破性進展。相關研究發表于基因組學研究知名雜志Genome Biology。該論文第一單位為廣東省農業科學院水稻研究所，王健博士為第一作者，楊武副研究員為共同第一作者，胡海飛博士和趙均良副研究員為通訊作者，澳大利亞莫道克大學教
泛基因組：賦能未來作物育種的基石
?繪圖：黃怡可 泛基因組（Pan-genome）是一個物種內所有基因組信息的總和，它比單一參考基因組涵蓋了更多的遺傳多樣性。 近年來，科學家已經獲得了多個作物的泛基因組。如何利用這些更為全面的基因組信息培育下一代良
“人類泛基因組項目”將極大促進疾病防治
科技日報北京4月21日電 （記者劉霞）一個國際科學家聯盟在20日出版的《自然》雜志上發表論文稱，十多家研究機構正在合作開展“人類泛基因組項目”，該項目旨在創建一個囊括全球各人種遺傳多樣性的參考基因組。研究人員表示，“這是人類遺傳學的未來”，有望應用于疾病預防與治療等多領域。這項工作由美國國家人類基因
中國農大團隊構建首個蘋果屬圖形泛基因組
中國農業大學教授韓振海團隊基于30份蘋果屬植物高質量基因組，系統解析了蘋果屬數千萬年的演化歷程，并構建了首個蘋果屬圖形泛基因組，發布了蘋果屬遺傳多樣性全景圖。日前，相關研究成果發表于《自然-遺傳學》。蘋果屬植物倍性復雜，分布橫跨歐亞、美洲等多個地理區域，是研究基因組多倍化與雜交的重要木本植物類群。全
首個玉蜀黍屬超級泛基因組助力玉米遺傳改良
?玉蜀黍屬超級泛基因組特征 ? ?受訪者供圖8月24日，《基因組生物學》（Genome Biology）在線發表華中農業大學作物遺傳改良全國重點實驗室和洪山實驗室玉米團隊最新研究成果。該團隊利用721份玉蜀黍屬材料的基因組數據，構建了首個玉蜀黍屬“超級泛基因組（super pan-genome）”圖
酵母還能快速“重建”新冠病毒基因組？
據《自然》雜志6日發表的一項合成生物學研究，瑞士一個研究團隊開發出一種可以快速重建新冠病毒的方法。重建病毒有助于研究人員開發診療方法和疫苗，同時，擁有合成能力也被認為是未來防治相關疫情的重要一環。 在實驗室重建病毒，是一種有效的研究疾病暴發所涉病原體的方法。發生疫情時，將病毒樣本送至研究機構可
“人工合成酵母基因組計劃”最新成果發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/511980.shtm
天津大學最新文章：酵母基因組工程
生物通報道：釀酒酵母染色體的人工合成突破了真核生物基因組重新設計與合成, 將引發基因組工程研究新的高潮. 近期來自天津大學系統生物工程教育部重點實驗室，深圳華大基因研究院等處的研究人員以酵母基因組工程為例, 對“自上而下”和“自下而上”兩種不同策略的基因組工程研究取得的最新進展進行綜述, 并展望
方法三：酵母菌基因組DNA的提取
方法三：酵母菌基因組DNA的提取一：儀器：同方法一二：試劑：SE緩沖液（1M山梨醇，0.1MEDTA pH7.5）；溶菌酶（50mg/ml）；20％PVP；蛋白酶K緩沖液（10mM Tris pH7.6??0.5% SDS 1mM EDTA）；其余同前三：操作?1.5ml??對數生長期細菌細胞???