研究基于學習算法優化序列特異性的CtoG單堿基編輯器
8月12日，Nature Communications發表了題為Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究論文，該研究由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心、上海腦科學與類腦研究中心研究員孫怡迪研究組與中國農業科學院深圳農業基因組研究所研究員左二偉研究組合作完成。該研究建立了深度學習模型的算法CGBE-SMART，該方法能夠準確預測新型OPTI-CGBEs的單堿基編輯效率和編輯效果。 單堿基編輯技術是基于CRISPR/Cas系統改造發展的新型基因編輯技術，可在不引入DNA雙鏈斷裂的情況下，精確地將DNA或RNA中的一個堿基替換為另一個堿基。目前，已開發并得到廣泛應用的堿基編輯器包括胞嘧啶堿基編輯器（cytosine base editor，CB......閱讀全文
利用單堿基編輯器實現多位點單堿基編輯DMD及HGPS豬模型
6月28日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院賴良學課題組在國際學術期刊Nature Communications(《自然-通訊》)發表了題為Efficient base editing for multiple genes and loci in pigs using base editors
科學家首次證實線粒體堿基編輯器的脫靶效應
?脫靶檢測技術工作流程。中國農科院供圖? ? 日前，中國農業科學院深圳農業基因組研究所左二偉團隊與國內其他科研單位合作，首次證實線粒體堿基編輯器（DdCBE）會導致核基因組嚴重的脫靶效應，因而醫學應用存在嚴重的安全風險。該研究對研發高效安全的線粒體堿基編輯器具有指導意義。相關研究成果在線發表在《
科學家首次證實線粒體堿基編輯器的脫靶效應
?脫靶檢測技術工作流程。中國農科院供圖 日前，中國農業科學院深圳農業基因組研究所左二偉團隊與國內其他科研單位合作，首次證實線粒體堿基編輯器（DdCBE）會導致核基因組嚴重的脫靶效應，因而醫學應用存在嚴重的安全風險。該研究對研發高效安全的線粒體堿
深度學習算法優化序列特異性的CtoG單堿基編輯器
8月12日，Nature Communications發表了題為Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究論文，該研
研究基于學習算法優化序列特異性的CtoG單堿基編輯器
8月12日，Nature Communications發表了題為Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究論文，該研
方興未艾：單堿基基因編輯技術
近一年多來，全世界范圍內多個實驗室圍繞“單堿基基因編輯技術”發表了大量的研究成果，而我國科學在此領域也取得了一系列重要進展。特別是近日，來自中山大學松陽洲和黃軍就實驗室在Protein & Cell雜志上發表了題為“Effective gene editing by high-fidelity
新型雙堿基編輯器助力基因飽和突變文庫構建
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員賴良學課題組在新型堿基編輯器開發方面取得重要進展，獲得了可同時兼具當前多種單堿基編輯器及CRISPR/Cas9基因編輯功能的多功能堿基編輯器，可廣泛地誘導產生多種模式的突變，對于飽和突變文庫構建、基因突變功能研究等方面具有重要促進作用。相關研究在線發表于
全新「堿基編輯器」：不用「切割」也能精準編輯基因
原標題:不用「切割」也能精準編輯基因了，華人學者開發全新「堿基編輯器」摘要：CRISPR 基因編輯技術之外的新工具。基因編輯技術有了重大進展。Broad 研究所的華人學者 David Liu 教授的團隊開發出了一種「堿基編輯器」，可以讓細胞內 DNA 的一種堿基通過簡單的化學反應，變成另一種
從同源重組到堿基編輯器－看基因編輯72變
基因編輯尤其是“基因魔剪”CRISPR的新聞報道幾乎每天都能見到。僅在3月份，就有兩篇引起廣泛關注的重磅成果，其一，曾與張峰合作開創“基因魔剪”CRISPR的科技大牛劉如謙（David Liu），利用基因編輯技術研發出給細胞活動拍照的“細胞記錄儀”（CAMERA）。正如黑匣子能記錄事故發生時的
設計基因編輯工具的AI大模型問世
記者27日從中國農業科學院獲悉，該院農業基因組研究所農業基因編輯技術研發與應用創新團隊構建了全球規模最大的實驗驗證數據集，并基于此開發出人工智能（AI）大模型AlphaCD。該模型不僅能高效預測超過2萬余種胞嘧啶脫氨酶的酶活特征，還能設計出新型高性能堿基編輯工具。相關成果日前發表于國際期刊《細胞
單堿基基因編輯技術之工具篇
前言今年5月，David R. Liu教授與張鋒教授等人聯合創立Beam Therapeutics公司，再一次將“單堿基編輯技術”送上了熱搜榜，趁著熱度還未散去，我們繼上一期“單堿基編輯技術淺談”后，又為大家準備了一篇超級實用性的深度分析，帶你一起看看單堿基編輯的前世今生及如何一步步發展壯大的歷程！
單堿基基因編輯技術之工具篇
今年5月，David R. Liu教授與張鋒教授等人聯合創立Beam Therapeutics公司，再一次將“單堿基編輯技術”送上了熱搜榜，趁著熱度還未散去，我們繼上一期“單堿基編輯技術淺談”后，又為大家準備了一篇超級實用性的深度分析，帶你一起看看單堿基編輯的前世今生及如何一步步發展壯大的歷程！
單堿基基因編輯技術之工具篇
前言 今年5月，David R. Liu教授與張鋒教授等人聯合創立Beam Therapeutics公司，再一次將“單堿基編輯技術”送上了熱搜榜，趁著熱度還未散去，我們繼上一期“單堿基編輯技術淺談”后，又為大家準備了一篇超級實用性的深度分析，帶你一起看看單堿基編輯的前世今生及如何一步步發展
基因檢測新突破:－單堿基突變檢測
DNA序列中稍有變異就會對身體產生深遠的影響。現代基因組學研究已經表明，只要一個突變就占領了決定是否成功治愈一種疾病還是使該病猖獗地蔓延到全身各部位的制高點。 研究人員通過一種新的方法檢測特定DNA片段，找出單一突變位點，從而幫助疾病(如癌癥、肺結核)的診斷和治療。DNA序列中這
一種堿基編輯器成功修改活小鼠腸道細菌基因
科學家設計了一種基因編輯工具，可以改變活小鼠腸道微生物組中的細菌。7月10日，相關研究成果發表于《自然》。 該工具是一種堿基編輯器，可以修改小鼠腸道內90%以上大腸桿菌菌落的靶基因。“我們一直夢想能夠做到這一點。”法國巴黎生物技術公司Eligo Bioscience的聯合創始人、合成生物學家X
Nature子刊|堿基編輯器新拓展
作為Cas9核酸酶的進化祖先，IscB蛋白作為緊湊RNA引導的DNA內切酶和缺口酶，使其成為堿基編輯的強有力候選者。然而，目標范圍狹窄限制了IscB系統的應用;因此，有必要找到更多識別不同靶鄰基序(TAMs)的IscB。2024年8月15日，輝大基因張海南、李彤、復旦大學黃錦海、中科院腦科學與智能技
單堿基基因編輯研究進展速覽
本文中，小編整理了近年來科學家們在單堿基基因編輯研究領域取得的新進展，分享給大家！ 【1】Nat Commun：科學家首次在豬身上實現多位點單堿基編輯 doi：10.1038/s41467-019-10421-8 近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院賴良學課題組利用單堿基編輯器首次在豬
單堿基基因編輯系統，基因治療又一利器
TaC9-ABE單堿基編輯技術原理。黃博純 供圖近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員賴良學與五邑大學副教授鄒慶劍團隊合作首次將腺苷脫氨酶與轉錄激活因子樣效應子（TALE）融合，開發了一種不會產生Cas9依賴性脫靶的新型堿基編輯系統TaC9-ABE。相關研究3月24日在線發表于《細胞發現》（
DNA堿基中產生靶向變化的堿基編輯器－誘導廣泛的脫靶
在一項新的研究中，來自美國麻省總醫院、哈佛醫學院和哈佛大學陳曾熙公共衛生學院的研究人員報道近期開發的幾種在單個DNA堿基中產生靶向變化的堿基編輯器能夠在RNA中誘導廣泛的脫靶效應。他們還描述了對堿基編輯器變體進行基因改造可顯著降低RNA編輯的發生率，這同時也會增加在靶DNA編輯的精確度。相關研究
新型“堿基編輯器”有助治療遺傳疾病
一個美國團隊２５日在英國《自然》雜志發表報告說，它在基因編輯技術方面取得新進展，可通過一種新型“堿基編輯器”在基因中替換堿基，有助科學家增強對遺傳疾病的理解和開發新療法。 基因是脫氧核糖核酸（ＤＮＡ）上的片段，而ＤＮＡ雙鏈螺旋結構由４種化學堿基組成，即腺嘌呤（Ａ）、鳥嘌呤（Ｇ）、胞嘧啶（Ｃ）和
新進展！構建新型雙堿基編輯器
堿基編輯器是基于CRISPR/Cas9發展的新一代基因組編輯技術，可誘導單個堿基的突變，而鮮有關于特異性介導A-to-G和C-to-G雙突變的堿基編輯工具的研究。此外，關于堿基編輯系統與染色質環境之間的聯系也少見報道。 近日，中國科學院天津工業生物技術研究所研究員畢昌昊帶領的合成生物學技術研究
新型堿基編輯器助力工業底盤菌株創制
近年來，生物制造產業發展迅速，已成為推動我國經濟社會可持續發展的重要引擎。工業菌株是生物制造的“靈魂”，性能優良的工業微生物就像一個個高效的“細胞工廠”，只需要攝取簡單的營養甚至廢料，便可合成我們日常所需的各種產品，如蛋白質、生物藥品、化妝護膚成分、生物染料等。傳統的微生物基因改造需要經過一系列的繁
DNA堿基編輯器或能誘導大量脫靶RNA突變！
DNA堿基編輯方法能夠直接在基因組DNA中進行點突變的校正，同時并不會產生任何雙鏈的斷裂（DSBs，double-strand breaks），但潛在的脫靶效應常常限制了這些方法的應用，腺相關病毒（AAV）是DNA編輯基因療法中最常用的傳遞系統，由于這些病毒能夠在體內持續維持基因表達的功能，因此
高效雙堿基編輯器研發成功并在水稻中實現基因定向進化
近日，中國農業科學院作物科學研究所作物精準育種技術創新團隊成功開發了一種高效、編輯范圍更廣的胞嘧啶和腺嘌呤雙堿基編輯融合系統，利用該系統對水稻內源基因編碼區進行改造，獲得了高抗草甘膦的水稻新型基因資源。相關研究成果在線發表在《植物學報（Journal of Integrative Plant B
AlphaCD發布：蛋白質功能高通量預測全新范式
近日，中國農業科學院農業基因組研究所農業基因編輯技術研發與應用創新團隊構建了迄今為止規模最大的實驗驗證數據集，并在此基礎上開發了多模態機器學習模型AlphaCD。該模型不僅能夠高效預測超過2萬種胞嘧啶脫氨酶的酶活特征，還能設計出新型高性能堿基編輯工具。該研究為蛋白質功能高通量鑒定和基因編輯工具開
AlphaCD發布：蛋白質功能高通量預測全新范式
近日，中國農業科學院農業基因組研究所農業基因編輯技術研發與應用創新團隊構建了迄今為止規模最大的實驗驗證數據集，并在此基礎上開發了多模態機器學習模型AlphaCD。該模型不僅能夠高效預測超過2萬種胞嘧啶脫氨酶的酶活特征，還能設計出新型高性能堿基編輯工具。該研究為蛋白質功能高通量鑒定和基因編輯工具開發提
作物基因組單堿基編輯方法研究取得進展
單核苷酸點突變是作物許多重要農藝性狀發生變異的遺傳基礎。單堿基的變異會導致氨基酸替換或蛋白質翻譯終止，使基因功能發生改變，從而有可能產生優良的等位基因與優異性狀。傳統誘變及單堿基突變篩選技術（如TILLING）需要進行基因組規模的篩選，耗時、耗力且鑒定到的點突變數目和種類有限。基因組編輯技術，特
世界首次證實單堿基基因編輯存在脫靶效應
基因編輯技術越來越火，然而針對基因編輯工具最大的風險——脫靶效應，一直以來缺乏良好的檢測工具。記者從中科院神經科學研究所獲悉，其團隊與多家機構合作完成的研究，建立了一種在精度、廣度和準確性上遠超越之前的基因編輯脫靶檢測技術，這一技術首次證實：近年來興起的單堿基編輯技術有可能導致大量無法預測的脫靶
我國科研人員開發新型普適高效的堿基編輯器
?? 在國家自然科學基金項目（項目編號：31730111、91540115、31600654 、31600619、31471241）等資助下，中國科學院上海生命科學研究院楊力研究組與上海科技大學生命學院陳佳研究組和黃行許研究組合作，成功開發出可高效介導甲基化胞嘧啶mC到胸腺嘧啶T的編輯堿基編
廣州生物院開發出新型雙堿基編輯器
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院賴良學課題組在新型堿基編輯器開發方面取得重要進展，獲得了可同時兼具當前多種單堿基編輯器及CRISPR/Cas9基因編輯功能的多功能堿基編輯器，可廣泛地誘導產生多種模式的突變，對于飽和突變文庫構建、基因突變功能研究等方面具有促進作用。相關研究成果以AGBE: a